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Structure paper

タイトルExploring the Structural Divergence of HIV and SRLV Lentiviral Capsids.
ジャーナル・号・ページJ Am Chem Soc, Vol. 147, Issue 36, Page 32883-32895, Year 2025
掲載日2025年9月10日
著者Fidel Arizaga / Christian Freniere / Juan S Rey / Matthew Cook / Chunxiang Wu / Juan R Perilla / Yong Xiong /
PubMed 要旨Lentiviruses require a mature capsid to package and traffic their viral genome for successful infection and propagation. Although the HIV-1 capsid structure has been extensively studied, structural ...Lentiviruses require a mature capsid to package and traffic their viral genome for successful infection and propagation. Although the HIV-1 capsid structure has been extensively studied, structural information is lacking for other lentiviral capsids, limiting our understanding. Using cryo-electron microscopy (cryo-EM) and a liposome-templating system, we assembled capsid-like particles (CLPs) and resolved capsid protein (CA) pentamer and hexamer lattice structures from the two major phylogenetic groups of small ruminant lentiviruses (SRLVs). These structures exhibit an overall lattice organization like HIV-1 but differ in key characteristics, notably the absence of inositol hexakisphosphate (IP6) in the SRLV CA lattice─a critical factor for HIV-1 capsid assembly and function. Additionally, SRLV CA pentamers show a unique N-terminal domain orientation, providing insights into SRLV capsid assembly mechanisms. These observations, together with our molecular dynamics (MD) simulation, results suggest a possible mechanism for importing deoxynucleotide triphosphate (dNTP) molecules into SRLV capsids. Furthermore, key regions of host factor interaction, such as the CypA binding motifs, have diverged in the SRLV CA assemblies. Our results contribute to understanding the SRLV lentiviral capsids which may facilitate structure-based inhibitor design strategies.
リンクJ Am Chem Soc / PubMed:40878534 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.98 - 3.5 Å
構造データ

48333

9mkp

EMDB-48333, PDB-9mkp:
CAEV CA Pentamer Assembled via Liposome Templating
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

48334

9mkq

EMDB-48334, PDB-9mkq:
MVV CA Pentamer assembled via liposome templating
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.25 Å

48335

9mkr

EMDB-48335, PDB-9mkr:
CAEV CA Hexamer Assembled via Liposome Templating
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

48336

9mks

EMDB-48336, PDB-9mks:
MVV CA Hexamer Assembled via Liposome Templating
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.13 Å

EMDB-48674: HIV-1 capsid hepta-hexamer templated on small unilamellar vesicles.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.98 Å

由来
  • caprine arthritis encephalitis virus (ヤギ関節炎・脳炎ウイルス)
  • visna-maedi virus (ウイルス)
  • Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / CAEV / Capsid / Pentamer / MVV / Hexamer

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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