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タイトルPrecise targeting of HIV broadly neutralizing antibody precursors in humans.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 389, Issue 6759, Page eadv5572, Year 2025
掲載日2025年7月31日
著者Tom G Caniels / Madhu Prabhakaran / Gabriel Ozorowski / Kellie J MacPhee / Weiwei Wu / Karlijn van der Straten / Sashank Agrawal / Ronald Derking / Emma I M M Reiss / Katrina Millard / Martina Turroja / Aimee Desrosiers / Jeffrey Bethony / Elissa Malkin / Marinus H Liesdek / Annelou van der Veen / Michelle Klouwens / Jonne L Snitselaar / Joey H Bouhuijs / Rhianna Bronson / Jalen Jean-Baptiste / Suprabhath Gajjala / Zahra Rikhtegaran Tehrani / Alison Benner / Mukundhan Ramaswami / Michael O Duff / Yung-Wen Liu / Alicia H Sato / Ju Yeong Kim / Isabel J L Baken / Catarina Mendes Silva / Tom P L Bijl / Jacqueline van Rijswijk / Judith A Burger / Albert Cupo / Anila Yasmeen / Swastik Phulera / Wen-Hsin Lee / Kipchoge N Randall / Shiyu Zhang / Martin M Corcoran / Isabel Regadas / Alex C Sullivan / David M Brown / Jennifer A Bohl / Kelli M Greene / Hongmei Gao / Nicole L Yates / Sheetal Sawant / Jan M Prins / Neeltje A Kootstra / Stephen M Kaminsky / Burc Barin / Farhad Rahaman / Margaret Meller / Vince Philiponis / Dagna S Laufer / Angela Lombardo / Lindsey Mwoga / Solmaz Shotorbani / Drienna Holman / Richard A Koup / Per Johan Klasse / Gunilla B Karlsson Hedestam / Georgia D Tomaras / Marit J van Gils / David C Montefiori / Adrian B McDermott / Ollivier Hyrien / John P Moore / Ian A Wilson / Andrew B Ward / David J Diemert / Godelieve J de Bree / Sarah F Andrews / Marina Caskey / Rogier W Sanders /
PubMed 要旨A protective HIV vaccine will need to induce broadly neutralizing antibodies (bnAbs) in humans, but priming rare bnAb precursor B cells has been challenging. In a double-blinded, placebo-controlled ...A protective HIV vaccine will need to induce broadly neutralizing antibodies (bnAbs) in humans, but priming rare bnAb precursor B cells has been challenging. In a double-blinded, placebo-controlled phase 1 human clinical trial, the recombinant, germline-targeting envelope glycoprotein (Env) trimer BG505 SOSIP.v4.1-GT1.1, adjuvanted with AS01, induced bnAb precursors of the VRC01-class at a high frequency in the majority of vaccine recipients. These bnAb precursors, which target the CD4 receptor binding site, had undergone somatic hypermutation characteristic of the VRC01-class. A subset of isolated VRC01-class monoclonal antibodies neutralized wild-type pseudoviruses and was structurally extremely similar to bnAb VRC01. These results further support germline-targeting approaches for human HIV vaccine design and demonstrate atomic-level manipulation of B cell responses with rational vaccine design.
リンクScience / PubMed:40373114 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.74 - 30.0 Å
構造データ

48283

9mi0

EMDB-48283, PDB-9mi0:
61-12A01 Fab in complex with HIV-1 GT1.1 v4.1 SOSIP Env trimer and RM20A3 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

48286

9mia

EMDB-48286, PDB-9mia:
206-3G08 Fab in complex with HIV-1 GT1.1 v4.1 SOSIP Env trimer and RM20A3 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

48287

9mib

EMDB-48287, PDB-9mib:
206-9C09 Fab in complex with HIV-1 GT1.1 v4.1 SOSIP Env trimer and RM20A3 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

48290

9mih

EMDB-48290, PDB-9mih:
273-4D01 Fab in complex with HIV-1 BG505 SOSIP Env trimer and RM20A3 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

48291

9mii

EMDB-48291, PDB-9mii:
253-7A03 Fab in complex with HIV-1 BG505 SOSIP Env trimer and RM20A3 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-70490: BG505 GT1.1 SOSIP in complex with gp41-base epitope polyclonal antibodies isolated from a participant in the IAVI C101 clinical trial
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-70491: BG505 GT1.1 SOSIP in complex with V1V2V3 epitope polyclonal antibodies isolated from a participant in the IAVI C101 clinical trial
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-70492: BG505 GT1.1 SOSIP in complex with C3V5 epitope polyclonal antibodies isolated from a participant in the IAVI C101 clinical trial
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-70493: BG505 GT1.1 SOSIP in complex with CD4bs epitope polyclonal antibodies isolated from a participant in the IAVI C101 clinical trial
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-70494: BG505 GT1.1 SOSIP in complex with gp41 glycan hole epitope polyclonal antibodies isolated from a participant in the IAVI C101 clinical trial
手法: EM (単粒子) / 解像度: 27.0 Å

EMDB-70495: BG505 GT1.1 SOSIP in complex with gp41 fusion peptide epitope polyclonal antibodies isolated from a participant in the IAVI C101 clinical trial
手法: EM (単粒子) / 解像度: 26.0 Å

PDB-9mic:
Crystal structure of the VRC01-class antibody 4D01, derived from GT1.1 vaccination, in complex with eOD-GT8
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.97 Å

PDB-9mid:
Crystal structure of the VRC01-class antibody 3G08, derived from GT1.1 vaccination, in complex with eOD-GT8
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.74 Å

PDB-9mif:
Crystal structure of the VRC01-class antibody 9C09, derived from GT1.1 vaccination, in complex with eOD-GT8
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.93 Å

PDB-9mj3:
Crystal structure of the VRC01-class antibody 12A01, derived from GT1.1 vaccination, in complex with eOD-GT8
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-9mj6:
Crystal structure of the VRC01-class antibody 7A03 derived from GT1.1 vaccination
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.06 Å

PDB-9mjc:
Crystal structure of the VRC01-class antibody 4D01 derived from GT1.1 vaccination
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.7 Å

PDB-9mjd:
Crystal structure of the VRC01-class antibody 3G08
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.5 Å

PDB-9mji:
Crystal structure of the VRC01-class antibody 9C09 derived from GT1.1 vaccination
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.4 Å

PDB-9mk4:
Crystal structure of the VRC01-class antibody 12A01 derived from GT1.1 vaccination
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
  • macaca mulatta (アカゲザル)
  • human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / HIV-1 / SOSIP / germline targeting / VRC01 / clinical trial / human / precursor antibody / IMMUNE SYSTEM / Germline-targeting vaccination / CD4bs mAb / Fab

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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