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タイトルStructural serology of polyclonal antibody responses to mRNA-1273 and NVX-CoV2373 COVID-19 vaccines.
ジャーナル・号・ページbioRxiv, Year 2024
掲載日2024年12月12日
著者Sandhya Bangaru / Abigail M Jackson / Jeffrey Copps / Monica L Fernández-Quintero / Jonathan L Torres / Sara T Richey / Bartek Nogal / Leigh M Sewall / Alba Torrents de la Peña / Asma Rehman / Mimi Guebre-Xabier / Bethany Girard / Rituparna Das / Kizzmekia S Corbett-Helaire / Robert A Seder / Barney S Graham / Darin K Edwards / Nita Patel / Gale Smith / Andrew B Ward /
PubMed 要旨Current COVID-19 vaccines are largely limited in their ability to induce broad, durable immunity against emerging viral variants. Design and development of improved vaccines utilizing existing ...Current COVID-19 vaccines are largely limited in their ability to induce broad, durable immunity against emerging viral variants. Design and development of improved vaccines utilizing existing platforms requires an in-depth understanding of the antigenic and immunogenic properties of available vaccines. Here we examined the antigenicity of two of the original COVID-19 vaccines, mRNA-1273 and NVX-CoV2373, by electron microscopy-based polyclonal epitope mapping (EMPEM) of serum from immunized non-human primates (NHPs) and clinical trial donors. Both vaccines induce diverse polyclonal antibody (pAb) responses to the N-terminal domain (NTD) in addition to the receptor-binding domain (RBD) of the Spike protein, with the NTD supersite being an immunodominant epitope. High-resolution cryo-EMPEM studies revealed extensive pAb responses to and around the supersite with unique angles of approach and engagement. NTD supersite pAbs were also the most susceptible to variant mutations compared to other specificities, indicating that ongoing Spike ectodomain-based vaccine design strategies should consider immuno-masking this site to prevent induction of these strain-specific responses.
リンクbioRxiv / PubMed:39713412 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.2 - 4.5 Å
構造データ

EMDB-48188: SARS-CoV-2 Wuhan Spike ectodomain in complex with human polyclonal antibody ModWu-RBD1 (mRNA-1273 vaccine)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-48189: SARS-CoV-2 Wuhan Spike ectodomain in complex with human polyclonal antibody ModWu-RBD2 (mRNA-1273 vaccine)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-48190: SARS-CoV-2 Wuhan Spike ectodomain in complex with human polyclonal antibody ModWu-NTD1 (mRNA-1273 vaccine)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-48192: SARS-CoV-2 Wuhan Spike ectodomain in complex with human polyclonal antibody ModWu-NTD2 (mRNA-1273 vaccine)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-48193: SARS-CoV-2 Wuhan Spike ectodomain in complex with human polyclonal antibody ModWu-NTD3 (mRNA-1273 vaccine)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-48194: SARS-CoV-2 Wuhan Spike ectodomain in complex with human polyclonal antibody ModWu-NTD4 (mRNA-1273 vaccine)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-48195: SARS-CoV-2 Wuhan Spike ectodomain in complex with human polyclonal antibody ModWu-NTD5 (mRNA-1273 vaccine)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-48196: SARS-CoV-2 Wuhan Spike ectodomain in complex with human polyclonal antibody ModWu-NTD6 (mRNA-1273 vaccine)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-48197: SARS-CoV-2 Delta Spike ectodomain in complex with human polyclonal antibody ModDe-RBD1 (mRNA-1273 vaccine)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-48198: SARS-CoV-2 Delta Spike ectodomain in complex with human polyclonal antibody ModDe-NTD1 (mRNA-1273 vaccine)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-48199: SARS-CoV-2 Wuhan Spike ectodomain in complex with NHP polyclonal antibody NVX-NHPWu1 (NVX-CoV2373 vaccine)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-48200: SARS-CoV-2 Wuhan Spike ectodomain in complex with NHP polyclonal antibody NVX-NHPWu2 (NVX-CoV2373 vaccine)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-48201: SARS-CoV-2 Wuhan Spike ectodomain in complex with NHP polyclonal antibody NVX-NHPWu3 (NVX-CoV2373 vaccine)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-48202: SARS-CoV-2 Wuhan Spike ectodomain in complex with NHP polyclonal antibody NVX-NHPWu4 (NVX-CoV2373 vaccine)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-48203: SARS-CoV-2 Wuhan Spike ectodomain in complex with NHP polyclonal antibody NVX-NHPWu5 (NVX-CoV2373 vaccine)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-48204: SARS-CoV-2 Wuhan Spike ectodomain in complex with NHP polyclonal antibody NVX-NHPWu6 (NVX-CoV2373 vaccine)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-48205: SARS-CoV-2 Wuhan Spike ectodomain in complex with NHP polyclonal antibody NVX-NHPWu7 (NVX-CoV2373 vaccine)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-48206: SARS-CoV-2 Wuhan Spike ectodomain in complex with NHP polyclonal antibody NVX-NHPSA1 (NVX-CoV2373/rS-Beta immunized)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-48207: SARS-CoV-2 Wuhan Spike ectodomain in complex with NHP polyclonal antibody NVX-NHPSA2 (NVX-CoV2373/rS-Beta immunized)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-48208: SARS-CoV-2 Wuhan Spike ectodomain in complex with NHP polyclonal antibody NVX-NHPSA3 (NVX-CoV2373/rS-Beta immunized)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-48209: SARS-CoV-2 Wuhan Spike ectodomain in complex with NHP polyclonal antibody NVX-NHPSA4 (NVX-CoV2373/rS-Beta immunized)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-48210: SARS-CoV-2 Wuhan Spike ectodomain in complex with NHP polyclonal antibody NVX-NHPSA5 (NVX-CoV2373/rS-Beta immunized)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-48211: SARS-CoV-2 Wuhan Spike ectodomain in complex with NHP polyclonal antibody NVX-NHPSA6 (NVX-CoV2373/rS-Beta immunized)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-48212: SARS-CoV-2 Wuhan Spike ectodomain in complex with NHP polyclonal antibody NVX-NHPSA7 (NVX-CoV2373/rS-Beta immunized)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-48213: SARS-CoV-2 Wuhan Spike ectodomain in complex with NHP polyclonal antibody NVX-NHPSA8 (NVX-CoV2373/rS-Beta immunized)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

由来
  • Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • Homo sapiens (ヒト)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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