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Structure paper

タイトルMolecular basis for shifted receptor recognition by an encephalitic arbovirus.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 188, Issue 11, Page 2957-2973.e28, Year 2025
掲載日2025年5月29日
著者Xiaoyi Fan / Wanyu Li / Jessica Oros / Jessica A Plante / Brooke M Mitchell / Jesse S Plung / Himanish Basu / Sivapratha Nagappan-Chettiar / Joshua M Boeckers / Laurentia V Tjang / Colin J Mann / Vesna Brusic / Tierra K Buck / Haley Varnum / Pan Yang / Linzy M Malcolm / So Yoen Choi / William M de Souza / Isaac M Chiu / Hisashi Umemori / Scott C Weaver / Kenneth S Plante / Jonathan Abraham /
PubMed 要旨Western equine encephalitis virus (WEEV) is an arbovirus that historically caused large outbreaks of encephalitis throughout the Americas. WEEV binds protocadherin 10 (PCDH10) as a receptor, and ...Western equine encephalitis virus (WEEV) is an arbovirus that historically caused large outbreaks of encephalitis throughout the Americas. WEEV binds protocadherin 10 (PCDH10) as a receptor, and highly virulent ancestral WEEV strains also bind low-density lipoprotein receptor (LDLR)-related proteins. As WEEV declined as a human pathogen in North America over the past century, isolates have lost the ability to bind mammalian receptors while still recognizing avian receptors. To explain shifts in receptor dependencies and assess the risk of WEEV re-emergence, we determined cryoelectron microscopy structures of WEEV bound to human PCDH10, avian PCDH10, and human very-low-density lipoprotein receptor (VLDLR). We show that one to three E2 glycoprotein substitutions are sufficient for a nonpathogenic strain to regain the ability to bind mammalian receptors. A soluble VLDLR fragment protects mice from lethal challenge by a virulent ancestral WEEV strain. Because WEEV recently re-emerged in South America after decades of inactivity, our findings have important implications for outbreak preparedness.
リンクCell / PubMed:40187345 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.8 - 3.4 Å
構造データ

47116

9dqv

EMDB-47116, PDB-9dqv:
Structure of western equine encephalitis virus CBA87 VLP in complex with human PCDH10 EC1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

47117

9dqx

EMDB-47117, PDB-9dqx:
Structure of western equine encephalitis virus CBA87 VLP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

47118

9dqy

EMDB-47118, PDB-9dqy:
Structure of western equine encephalitis virus Imperial 181 VLP in complex with house sparrow PCDH10 EC1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

47119

9dqz

EMDB-47119, PDB-9dqz:
Structure of western equine encephalitis virus McMillan VLP in complex with human VLDLR
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

由来
  • western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
  • passer domesticus (イエスズメ)
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / western equine encephalitis virus / WEEV / receptor binding / PCDH10 / virus like particles / VLDLR

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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