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タイトルStructurally convergent antibodies derived from different vaccine strategies target the influenza virus HA anchor epitope with a subset of V3 and V3 genes.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 1268, Year 2025
掲載日2025年2月2日
著者Ting-Hui Lin / Chang-Chun David Lee / Monica L Fernández-Quintero / James A Ferguson / Julianna Han / Xueyong Zhu / Wenli Yu / Jenna J Guthmiller / Florian Krammer / Patrick C Wilson / Andrew B Ward / Ian A Wilson /
PubMed 要旨H1N1 influenza viruses are responsible for both seasonal and pandemic influenza. The continual antigenic shift and drift of these viruses highlight the urgent need for a universal influenza vaccine ...H1N1 influenza viruses are responsible for both seasonal and pandemic influenza. The continual antigenic shift and drift of these viruses highlight the urgent need for a universal influenza vaccine to elicit broadly neutralizing antibodies (bnAbs). Identification and characterization of bnAbs elicited in natural infection and immunization to influenza virus hemagglutinin (HA) can provide insights for development of a universal influenza vaccine. Here, we structurally and biophysically characterize four antibodies that bind to a conserved region on the HA membrane-proximal region known as the anchor epitope. Despite some diversity in their V and V genes, the antibodies interact with the HA through germline-encoded residues in HCDR2 and LCDR3. Somatic mutations on HCDR3 also contribute hydrophobic interactions with the conserved HA epitope. This convergent binding mode provides extensive neutralization breadth against H1N1 viruses and suggests possible countermeasures against H1N1 viruses.
リンクNat Commun / PubMed:39894881 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.01 - 3.29 Å
構造データ

46994

9dm0

EMDB-46994, PDB-9dm0:
Cryo-EM structure of the SFV009 3G01 Fab in complex with A/California/04/2009
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

PDB-9dru:
Crystal structure of 04709_4F04 Fab in complex with H1 HA from A/California/04/2009(H1N1)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.75 Å

PDB-9ds1:
Crystal structure of 241_2F04 Fab in complex with H1 HA from A/California/04/2009(H1N1)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.4 Å

PDB-9ds2:
Crystal structure of 346-54 Fab in complex with H1 HA from A/California/04/2009(H1N1)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.29 Å

PDB-9dsc:
Crystal structure of Apo-241_2F04-A95a mutant Fab
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.01 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • influenza a virus (a/california/04/2009(h1n1)) (A型インフルエンザウイルス)
  • influenza a virus (A型インフルエンザウイルス)
キーワードIMMUNE SYSTEM / hemagglutinin / HA / antibody / anchor epitope / influenza virus / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / H1N1 / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / VIRAL PROTEIN

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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