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タイトルStructure of Blm10:13S proteasome intermediate reveals parallel assembly pathways for the proteasome core particle.
ジャーナル・号・ページbioRxiv, Year 2024
掲載日2024年11月5日
著者Mandeep Kaur / Xiang Chen / Stella Y Lee / Tyler M Weaver / Bret D Freudenthal / Kylie J Walters / Jeroen Roelofs /
PubMed 要旨Proteasomes are formed by chaperone-assisted assembly of core particles (CPs) and regulatory particles (RPs). The CP chaperone dimer Pba1/Pba2 binds early to proteasome subunits, and is thought to be ...Proteasomes are formed by chaperone-assisted assembly of core particles (CPs) and regulatory particles (RPs). The CP chaperone dimer Pba1/Pba2 binds early to proteasome subunits, and is thought to be replaced by Blm10 to form Blm10:CP, which promotes ATP-independent degradation of disordered proteins. Here, we present evidence of distinct parallel assembly pathways for CP by solving five cryo-EM structures including a Blm10:13S pre-assembly intermediate. Our data conflict with the current model of Blm10 and Pba1/Pba2 sequential activity in a single assembly pathway, as we find their CP binding is mutually exclusive and both are present on early and late assembly intermediates. CP affinity for Pba1/Pba2 is reduced during maturation, promoting Pba1/Pba2 release. We find Blm10 undergoes no such affinity switch, suggesting this pathway predominantly yields mature Blm10-bound CP. Altogether, our findings conflict with the current paradigm of sequential CP binding to instead indicate parallel assembly pathways by Pba1/Pba2 and Blm10.
リンクbioRxiv / PubMed:39574619 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.75 - 3.55 Å
構造データ

46461

9d0t

EMDB-46461, PDB-9d0t:
Proteasome core particle assembly intermediate Blm10:13S purified from Saccharomyces cerevisiae
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.84 Å

46525

9d35

EMDB-46525, PDB-9d35:
Proteasome core particle assembly intermediate 5-alpha/3-beta/Ump1 purified from Saccharomyces cerevisiae.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.26 Å

46535

9d3i

EMDB-46535, PDB-9d3i:
Proteasome core particle assembly intermediate 5-alpha/4-beta/Ump1 purified from Saccharomyces cerevisiae.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.11 Å

46559

9d4c

EMDB-46559, PDB-9d4c:
Proteasome core particle assembly intermediate Blm10:alpha-ring purified from Saccharomyces cerevisiae.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.75 Å

46570

9d4u

EMDB-46570, PDB-9d4u:
Core particle assembly intermediate Capless 13S purified from Saccharomyces cerevisiae
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.55 Å

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
キーワードHYDROLASE / Proteasome / assembly chaperone / Blm10 / PA200 / Blm10-13S / Pba1 / CP / Cryo-EM / Assembly

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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