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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9d4c | ||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Proteasome core particle assembly intermediate Blm10:alpha-ring purified from Saccharomyces cerevisiae. | ||||||||||||||||||||||||||||||
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![]() | HYDROLASE / Proteasome / Cryo-EM / Assembly / assembly chaperone / Blm10 / PA200 / Blm10-13S / Pba1 / CP | ||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() proteasome core complex import into nucleus / proteasome storage granule assembly / peptidase activator activity / proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A ...proteasome core complex import into nucleus / proteasome storage granule assembly / peptidase activator activity / proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / Neddylation / proteasome binding / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / regulation of proteasomal protein catabolic process / chorismate biosynthetic process / Ub-specific processing proteases / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome assembly / aromatic amino acid family biosynthetic process / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / amino acid biosynthetic process / : / Neutrophil degranulation / proteasome complex / endopeptidase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA repair / DNA damage response / mitochondrion / metal ion binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.75 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Chen, X. / Kaur, M. / Roelofs, J. / Walters, K.J. | ||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of Blm10:13S proteasome assembly intermediate reveals parallel assembly pathways for the proteasome core particle 著者: Kaur, M. / Chen, X. / Lee, S.Y. / Weaver, T.M. / Freudenthal, B.D. / Walters, K.J. / Roelofs, J. | ||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 95.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 156.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Proteasome subunit alpha type- ... , 6種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 28033.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: SCL1, PRC2, PRS2, YGL011C / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 27191.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PRE8, PRS4, YML092C / 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 28748.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PRE9, PRS5, YGR135W / 発現宿主: ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 28478.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PRE6, YOL038W / 発現宿主: ![]() ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 28649.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PUP2, DOA5, YGR253C, G9155 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 25634.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PRE5, YMR314W, YM9924.06 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-タンパク質 , 3種, 3分子 GIO
#7: タンパク質 | 分子量: 31575.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PRE10, PRC1, PRS1, YOR362C, O6650 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#8: タンパク質 | 分子量: 28299.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PUP1, YOR157C / 発現宿主: ![]() ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 246282.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: BLM10, BLM3, YFL007W, YFL006W / 発現宿主: ![]() ![]() |
-詳細
Has protein modification | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Proteasome assembly intermediate / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.472 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 0.42 mBar, 15mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % / 凍結前の試料温度: 298.15 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 5235 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 4058518 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.75 Å / 粒子像の数: 414121 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 116.1 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
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精密化 | 最高解像度: 2.75 Å |