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Structure paper

タイトルFunctional, Immunogenetic, and Structural Convergence in Influenza Immunity between Humans and Macaques.
ジャーナル・号・ページbioRxiv, Year 2025
掲載日2025年2月27日
著者Maya Sangesland / Ning Li / Yaroslav Tsybovsky / Megan D Rodgers / Julianna Han / Alesandra J Rodriguez / James A Ferguson / Amy R Henry / Sarah C Smith / Jesmine Roberts-Torres / Rebecca A Gillespie / Cuiping Liu / Jonah S Merriam / Tyler Stephens / Connor Williams / Emma Maestle / Martin Corcoran / Michelle Ravichandran / Adrian Creanga / Sarah F Andrews / Theodore C Pierson / Gunilla B Karlsson Hedestam / Chaim A Schramm / Douglas S Reed / Daniel C Douek / Tongqing Zhou / Andrew B Ward / Masaru Kanekiyo /
PubMed 要旨Human B cell immunity to the influenza hemagglutinin (HA) stem region, a universal influenza vaccine target, is often stereotyped and immunogenetically restricted, posing challenges for study outside ...Human B cell immunity to the influenza hemagglutinin (HA) stem region, a universal influenza vaccine target, is often stereotyped and immunogenetically restricted, posing challenges for study outside humans. Here, we show that macaques vaccinated with a HA stem immunogen elicit human-like public B cell lineages targeting two major conserved sites of vulnerability, the central stem and anchor epitopes. Central stem antibodies were predominantly derived from V1-138, the macaque homolog of human V1-69, a V-gene preferentially used in human central stem broadly neutralizing antibodies (bnAbs). Similarly, macaques produced anchor bnAbs with the human-like NWP motif. Both bnAb lineages were functionally and structurally analogous to their human counterparts, with recognition mediated largely by germline-encoded motifs. Thus the macaque immunoglobulin repertoire supports human-like public bnAb responses to influenza HA. Moreover, this underscores the utility of homologous germline-encoded immunity, suggesting that immune repertoires of macaques and humans may have been similarly shaped during evolution.
リンクbioRxiv / PubMed:40568173 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.7 - 20.0 Å
構造データ

45636

9cjy

EMDB-45636, PDB-9cjy:
CryoEM structure of NC99 hemagglutinin trimer in complex with Fab BB798E 3-C07
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

45637

9cjz

EMDB-45637, PDB-9cjz:
CryoEM structure of NC99 hemagglutinin trimer in complex with Fab T009 3-E04
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-46824: Polyclonal immune complex of human subject 321-2006 Fab binding H1 HA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-46825: Polyclonal immune complex of human subject 321-2009 Fab binding H1 HA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-46827: Polyclonal immune complex of human subject 321-2012 Fab binding H1 HA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-46829: Polyclonal immune complex of Fab from Cynomolgus Macaque 6974 at week 12 binding H1 HA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-46830: Polyclonal immune complex of Fab from Rhesus Macaque BB798E at week 12 binding H1 HA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-46831: Polyclonal immune complex of Fab from Cynomolgus Macaque T009 at week 12 binding H1 HA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-46832: Polyclonal immune complex of Fab from Cynomolgus Macaque R996 at week 12 binding H1 HA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

由来
  • influenza a virus (A型インフルエンザウイルス)
  • macaca fascicularis (カニクイザル)
  • Homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN / Immune system / Hemagglutinin / Fab / Macaque

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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