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タイトルArg18 Substitutions Reveal the Capacity of the HIV-1 Capsid Protein for Non-Fullerene Assembly.
ジャーナル・号・ページViruses, Vol. 16, Issue 7, Year 2024
掲載日2024年6月27日
著者Randall T Schirra / Nayara F B Dos Santos / Barbie K Ganser-Pornillos / Owen Pornillos /
PubMed 要旨In the fullerene cone HIV-1 capsid, the central channels of the hexameric and pentameric capsomers each contain a ring of arginine (Arg18) residues that perform essential roles in capsid assembly and ...In the fullerene cone HIV-1 capsid, the central channels of the hexameric and pentameric capsomers each contain a ring of arginine (Arg18) residues that perform essential roles in capsid assembly and function. In both the hexamer and pentamer, the Arg18 rings coordinate inositol hexakisphosphate, an assembly and stability factor for the capsid. Previously, it was shown that amino-acid substitutions of Arg18 can promote pentamer incorporation into capsid-like particles (CLPs) that spontaneously assemble in vitro under high-salt conditions. Here, we show that these Arg18 mutant CLPs contain a non-canonical pentamer conformation and distinct lattice characteristics that do not follow the fullerene geometry of retroviral capsids. The Arg18 mutant pentamers resemble the hexamer in intra-oligomeric contacts and form a unique tetramer-of-pentamers that allows for incorporation of an octahedral vertex with a cross-shaped opening in the hexagonal capsid lattice. Our findings highlight an unexpected degree of structural plasticity in HIV-1 capsid assembly.
リンクViruses / PubMed:39066201 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.7 - 7.1 Å
構造データ

EMDB-43632: HIV-1 CA R18L tetramer-of-pentamers
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.8 Å

EMDB-43633: HIV-1 CA R18L single-pentamer declination
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.6 Å

EMDB-43634: HIV-1 CA R18A tetramer-of-pentamers
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.0 Å

EMDB-43635: HIV-1 CA R18G tetramer-of-pentamers
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.1 Å

EMDB-43636: HIV-1 CA R18L capsid-like particle assembled in 1 M NaCl bound to FG-peptide
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.3 Å

EMDB-43637: HIV-1 CA R18L capsid-like particle assembled with FG-peptide
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.4 Å

EMDB-43638: HIV-1 CA R18L octahedron assembled with FG-peptide
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

43641

8vxv

EMDB-43641, PDB-8vxv:
HIV-1 R18L CA hexamer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

43642

8vxw

EMDB-43642, PDB-8vxw:
HIV-1 R18L CA pentamer from capsid-like particles assembled in 1 M NaCl
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

由来
  • human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
  • Homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / capsid

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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