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タイトルSnapshots of acyl carrier protein shuttling in human fatty acid synthase.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 641, Issue 8062, Page 520-528, Year 2025
掲載日2025年2月20日
著者Kollin Schultz / Pedro Costa-Pinheiro / Lauren Gardner / Laura V Pinheiro / Julio Ramirez-Solis / Sarah M Gardner / Kathryn E Wellen / Ronen Marmorstein /
PubMed 要旨The mammalian fatty acid synthase (FASN) enzyme is a dynamic multienzyme that belongs to the megasynthase family. In mammals, a single gene encodes six catalytically active domains and a flexibly ...The mammalian fatty acid synthase (FASN) enzyme is a dynamic multienzyme that belongs to the megasynthase family. In mammals, a single gene encodes six catalytically active domains and a flexibly tethered acyl carrier protein (ACP) domain that shuttles intermediates between active sites for fatty acid biosynthesis. FASN is an essential enzyme in mammalian development through the role that fatty acids have in membrane formation, energy storage, cell signalling and protein modifications. Thus, FASN is a promising target for treatment of a large variety of diseases including cancer, metabolic dysfunction-associated fatty liver disease, and viral and parasite infections. The multi-faceted mechanism of FASN and the dynamic nature of the protein, in particular of the ACP, have made it challenging to understand at the molecular level. Here we report cryo-electron microscopy structures of human FASN in a multitude of conformational states with NADPH and NADP plus acetoacetyl-CoA present, including structures with the ACP stalled at the dehydratase (DH) and enoyl-reductase (ER) domains. We show that FASN activity in vitro and de novo lipogenesis in cells is inhibited by mutations at the ACP-DH and ACP-ER interfaces. Together, these studies provide new molecular insights into the dynamic nature of FASN and the ACP shuttling mechanism, with implications for developing improved FASN-targeted therapeutics.
リンクNature / PubMed:39979457 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.11 - 3.66 Å
構造データ

EMDB-43187, PDB-8vf7:
Modifying portion of human FASN with NADPH and the ACP at the ER domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-43199, PDB-8vg4:
Modifying portion of human FASN with NADPH and the ACP at the DH domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.11 Å

EMDB-43337, PDB-8vle:
Composite structure of human FASN with NADPH in State 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-43340, PDB-8vlo:
Composite structure of human FASN with NADPH in State 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-43341, PDB-8vlp:
Composite structure of human FASN with NADPH in State 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-43350, PDB-8vm0:
Composite structure of human FASN with NADPH in State 4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-43352, PDB-8vm5:
Composite structure of human FASN with NADPH in State 5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-43353, PDB-8vm6:
Composite structure of human FASN with NADPH in State 8
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-43354, PDB-8vm7:
Composite structure of human FASN with NADPH in State 7
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-43355, PDB-8vmc:
Composite structure of human FASN with NADPH in State 6
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-43356, PDB-8vmd:
Modifying portion of human FASN with NADP+ and the ACP at the DH domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.46 Å

EMDB-43414: Consensus map of hFASN/NADPH State 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.63 Å

EMDB-43415: Focused map of the modifying region of hFASN/NADPH State 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.31 Å

EMDB-43417: Focused map of the condensing region of hFASN/NADPH State 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.27 Å

EMDB-43441: Consensus map of hFASN/NADPH State 5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.29 Å

EMDB-43442: Focused map of the modifying region of hFASN/NADPH State 5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.23 Å

EMDB-43445: Focused map of the condensing region of hFASN/NADPH State 5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.44 Å

EMDB-43447: Consensus map of hFASN/NADPH State 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.35 Å

EMDB-43448: Focused map of the modifying region of hFASN/NADPH State 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.22 Å

EMDB-43449: Focused map of the condensing region of hFASN/NADPH State 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.18 Å

EMDB-43454: Consensus map of hFASN/NADPH State 7
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.45 Å

EMDB-43456: Focused map of the modifying region of hFASN/NADPH State 7
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.28 Å

EMDB-43457: Focused map of the condensing region of hFASN/NADPH State 7
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.27 Å

EMDB-43458: Consensus map of hFASN/NADPH State 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.65 Å

EMDB-43459: Focused map of the modifying region of hFASN/NADPH State 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.32 Å

EMDB-43465: Focused map of the condensing region of hFASN/NADPH State 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.22 Å

EMDB-43466: Consensus map of hFASN/NADPH State 4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.58 Å

EMDB-43467: Focused map of the modifying region of hFASN/NADPH State 4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-43468: Focused map of the condensing region of hFASN/NADPH State 4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.29 Å

EMDB-43469: Consensus map of hFASN/NADPH State 6
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.28 Å

EMDB-43470: Focused map of the modifying region of hFASN/NADPH State 6
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.19 Å

EMDB-43471: Focused map of the condensing region of hFASN/NADPH State 6
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.31 Å

EMDB-43472: Consensus map of hFASN/NADPH State 8
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-43473: Focused map of the modifying region of hFASN/NADPH State 8
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.36 Å

EMDB-43474: Focus map of the condensing region of hFASN/NADPH State 8
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.66 Å

化合物

ChemComp-NDP:
NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH

ChemComp-NAP:
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Megasynthase / Lipogenesis

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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