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タイトルTriple tandem trimer immunogens for HIV-1 and influenza nucleic acid-based vaccines.
ジャーナル・号・ページNPJ Vaccines, Vol. 9, Issue 1, Page 74, Year 2024
掲載日2024年4月6日
著者Iván Del Moral-Sánchez / Edmund G Wee / Yuejiao Xian / Wen-Hsin Lee / Joel D Allen / Alba Torrents de la Peña / Rebeca Fróes Rocha / James Ferguson / André N León / Sylvie Koekkoek / Edith E Schermer / Judith A Burger / Sanjeev Kumar / Robby Zwolsman / Mitch Brinkkemper / Aafke Aartse / Dirk Eggink / Julianna Han / Meng Yuan / Max Crispin / Gabriel Ozorowski / Andrew B Ward / Ian A Wilson / Tomáš Hanke / Kwinten Sliepen / Rogier W Sanders /
PubMed 要旨Recombinant native-like HIV-1 envelope glycoprotein (Env) trimers are used in candidate vaccines aimed at inducing broadly neutralizing antibodies. While state-of-the-art SOSIP or single-chain Env ...Recombinant native-like HIV-1 envelope glycoprotein (Env) trimers are used in candidate vaccines aimed at inducing broadly neutralizing antibodies. While state-of-the-art SOSIP or single-chain Env designs can be expressed as native-like trimers, undesired monomers, dimers and malformed trimers that elicit non-neutralizing antibodies are also formed, implying that these designs could benefit from further modifications for gene-based vaccination approaches. Here, we describe the triple tandem trimer (TTT) design, in which three Env protomers are genetically linked in a single open reading frame and express as native-like trimers. Viral vectored Env TTT induced similar neutralization titers but with a higher proportion of trimer-specific responses. The TTT design was also applied to generate influenza hemagglutinin (HA) trimers without the need for trimerization domains. Additionally, we used TTT to generate well-folded chimeric Env and HA trimers that harbor protomers from three different strains. In summary, the TTT design is a useful platform for the design of HIV-1 Env and influenza HA immunogens for a multitude of vaccination strategies.
リンクNPJ Vaccines / PubMed:38582771 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度5.75 - 28.52 Å
構造データ

EMDB-42464: chEnv TTT protein in complex with 43A2 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 28.0 Å

EMDB-42468: chEnv TTT protein in complex with CM01A Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 28.0 Å

EMDB-43664: Triple tandem trimer immunogens for HIV-1 and influenza nucleic acid-based vaccines
手法: EM (単粒子) / 解像度: 28.52 Å

EMDB-43665: Triple tandem trimer immunogens for HIV-1 and influenza nucleic acid-based vaccines (cH125 TTT)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.82 Å

EMDB-43666: Triple tandem trimer immunogens for HIV-1 and influenza nucleic acid-based vaccines (H2/1 GCN4)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.52 Å

EMDB-43668: Triple tandem trimer immunogens for HIV-1 and influenza nucleic acid-based vaccines (H5/1 GCN4)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.52 Å

EMDB-43669: Triple tandem trimer immunogens for HIV-1 and influenza nucleic acid-based vaccines. H5 GCN4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 24.72 Å

PDB-8tgo:
Crystal structure of the BG505 triple tandem trimer gp140 HIV-1 Env in complex with PGT124 and 35O22
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 5.75 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
  • Macaca mulatta (アカゲザル)
  • Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HIV / envelope / antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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