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タイトルStructures of KEOPS bound to tRNA reveal functional roles of the kinase Bud32.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 10633, Year 2024
掲載日2024年12月5日
著者Samara Mishelle Ona Chuquimarca / Jonah Beenstock / Salima Daou / Jennifer Porat / Alexander F A Keszei / Jay Z Yin / Tobias Beschauner / Mark A Bayfield / Mohammad T Mazhab-Jafari / Frank Sicheri /
PubMed 要旨The enzyme complex KEOPS (Kinase, Endopeptidase and Other Proteins of Small size) installs the universally conserved and essential N-threonylcarbamoyl adenosine modification (tA) on ANN-decoding ...The enzyme complex KEOPS (Kinase, Endopeptidase and Other Proteins of Small size) installs the universally conserved and essential N-threonylcarbamoyl adenosine modification (tA) on ANN-decoding tRNAs in eukaryotes and in archaea. KEOPS consists of Cgi121, Kae1, Pcc1, Gon7 and the atypical kinase/ATPase Bud32. Except Gon7, all KEOPS subunits are needed for tRNA modification, and in humans, mutations in all five genes underlie the lethal genetic disease Galloway Mowat Syndrome (GAMOS). Kae1 catalyzes the modification of tRNA, but the specific contributions of Bud32 and the other subunits are less clear. Here we solved cryogenic electron microscopy structures of KEOPS with and without a tRNA substrate. We uncover distinct flexibility of KEOPS-bound tRNA revealing a conformational change that may enable its modification by Kae1. We further identified a contact between a flipped-out base of the tRNA and an arginine residue in C-terminal tail of Bud32 that correlates with the conformational change in the tRNA. We also uncover contact surfaces within the KEOPS-tRNA holo-enzyme substrate complex that are required for Bud32 ATPase regulation and tA modification activity. Our findings uncover inner workings of KEOPS including a basis for substrate specificity and why Kae1 depends on all other subunits.
リンクNat Commun / PubMed:39639027 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.91 - 3.59 Å
構造データ

42407

8unk

EMDB-42407, PDB-8unk:
Structure of the KEOPS complex (Cgi121/Bud32/Kae1/Pcc1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.91 Å

42443

8up5

EMDB-42443, PDB-8up5:
Structure of the KEOPS complex (Cgi121/Bud32/Kae1/Pcc1) bound to tRNA in its native-like conformation.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.56 Å

46630

9d85

EMDB-46630, PDB-9d85:
Structure of the KEOPS complex (Cgi121/Bud32/Kae1/Pcc1) bound to tRNA in a distorted tRNA conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.59 Å

由来
  • methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
  • pyrococcus furiosus (古細菌)
  • pyrococcus furiosus dsm 3638 (古細菌)
キーワードRNA BINDING PROTEIN / tRNA / modification / t6A / RNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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