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タイトルCryo-EM structures of HCV E2 glycoprotein bound to neutralizing and non-neutralizing antibodies determined using bivalent Fabs as fiducial markers.
ジャーナル・号・ページCommun Biol, Vol. 8, Issue 1, Page 825, Year 2025
掲載日2025年5月29日
著者Salman Shahid / Sharanbasappa S Karade / S Saif Hasan / Rui Yin / Liqun Jiang / Yanxin Liu / Nathaniel Felbinger / Liudmila Kulakova / Eric A Toth / Zhen-Yong Keck / Steven K H Foung / Thomas R Fuerst / Brian G Pierce / Roy A Mariuzza /
PubMed 要旨Global elimination of hepatitis C virus (HCV) will require an effective cross-genotype vaccine. The HCV E2 envelope glycoprotein is the main target of neutralizing antibodies but also contains ...Global elimination of hepatitis C virus (HCV) will require an effective cross-genotype vaccine. The HCV E2 envelope glycoprotein is the main target of neutralizing antibodies but also contains epitopes that elicit non-neutralizing antibodies which may provide protection through Fc effector functions rather than direct neutralization. We determined cryo-EM structures of a broadly neutralizing antibody, a moderately neutralizing antibody, and a non-neutralizing antibody bound to E2 to resolutions of 3.8, 3.3, and 3.7 Å, respectively. Whereas the broadly neutralizing antibody targeted the front layer of E2 and the non-neutralizing antibody targeted the back layer, the moderately neutralizing antibody straddled both front and back layers, and thereby defined a new neutralizing epitope on E2. The small size of complexes between conventional (monovalent) Fabs and E2 (~110 kDa) presented a challenge for cryo-EM. Accordingly, we engineered bivalent versions of E2-specific Fabs that doubled the size of Fab-E2 complexes and conferred highly identifiable shapes to the complexes that facilitated particle selection and orientation for image processing. This study validates bivalent Fabs as new fiducial markers for cryo-EM analysis of small proteins such as HCV E2 and identifies a new target epitope for vaccine development.
リンクCommun Biol / PubMed:40442315 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.62 - 3.8 Å
構造データ

41245

8tgv

EMDB-41245, PDB-8tgv:
CryoEM structure of Fab HC84.26-HCV E2 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.75 Å

41247

8tgz

EMDB-41247, PDB-8tgz:
CryoEM structure of neutralizing antibody HC84.26 in complex with Hepatitis C virus envelope glycoprotein E2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.78 Å

41275

8thz

EMDB-41275, PDB-8thz:
CryoEM structure of neutralizing antibodies CBH-7 and HC84.26 in complex with Hepatitis C virus envelope glycoprotein E2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.25 Å

41703

8txq

EMDB-41703, PDB-8txq:
CryoEM structure of non-neutralizing antibody CBH-4B in complex with Hepatitis C virus envelope glycoprotein E2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

41774

8tzy

EMDB-41774, PDB-8tzy:
CryoEM structure of non-neutralizing bivalent antibody CBH-4B in complex with Hepatitis C virus envelope glycoprotein E2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

42041

8u9y

EMDB-42041, PDB-8u9y:
CryoEM structure of neutralizing antibody HC84.26 in complex with Hepatitis C virus envelope glycoprotein E2_New interface
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

PDB-8tfe:
Crystal structure of Fab fragment of anti-HCV E2 antibody (CBH-7)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.62 Å

化合物

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル

ChemComp-FLC:
CITRATE ANION / シトラ-ト

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • hepacivirus c (ウイルス)
  • hepatitis c virus (isolate 1) (C型肝炎ウイルス)
  • hepacivirus (ウイルス)
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / E2 glycoprotein / Fab fragment / ANTIVIRAL PROTEIN / HCV / E2 / Fab / antiviral / complex / vaccine target / ternary complex / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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