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タイトルTopography of the HLA-A protein enforces shared and convergent immunodominant B cell and antibody alloresponses in transplant recipients.
ジャーナル・号・ページImmunity, Vol. 58, Issue 12, Page 3040-3060.e12, Year 2025
掲載日2025年12月9日
著者John T Killian / R Glenn King / Aaron C K Lucander / James L Kizziah / Christopher F Fucile / Ruben Diaz-Avalos / Shihong Qiu / Aaron Silva-Sanchez / Betty J Mousseau / Kevin J Macon / Amanda R Callahan / Guang Yang / M Emon Hossain / Jobaida Akther / Daryl B Good / Susan Kelso / Julie A Houp / Frida Rosenblum / Paige M Porrett / Song C Ong / Vineeta Kumar / Erica Ollmann Saphire / John F Kearney / Troy D Randall / Alexander F Rosenberg / Todd J Green / Frances E Lund /
PubMed 要旨Donor-specific antibody responses against human leukocyte antigen (HLA) proteins mismatched between transplant donors and recipients cause allograft loss, yet the structural HLA epitopes targeted by ...Donor-specific antibody responses against human leukocyte antigen (HLA) proteins mismatched between transplant donors and recipients cause allograft loss, yet the structural HLA epitopes targeted by alloreactive B cells and antibodies remain largely unresolved. We profiled the HLA-A01:01-specific B cell response in the transplanted kidney and blood of a recipient undergoing antibody-mediated rejection and identified immunodominant B cell and antibody responses that emerged early in the alloimmune response. These responses were focused on topographically exposed mismatched HLA residues located in the α helices along the peptide-binding groove of HLA-A01:01. We demonstrated that the anti-HLA-A01:01 B cell alloresponse converged and was maintained on this same immunodominant HLA subregion, which comprises only 20% of the HLA molecule, in a diverse group of HLA-A01:01-mismatched transplant recipients. Thus, the B cell and antibody alloresponses appear tightly focused on a topographically defined region on the HLA-A01:01 crown that is conserved across individuals expressing distinct constellations of self-HLA-A.
リンクImmunity / PubMed:41289995 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度3.14 - 3.84 Å
構造データ

41072

8t6m

EMDB-41072, PDB-8t6m:
Human leukocyte antigen bound by two alloreactive antibody Fabs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.14 Å

PDB-8t7r:
Crystal structure of human leukocyte antigen A*0101 in complex with the Fab of alloreactive antibody E07
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.84 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • cytomegalovirus (ウイルス)
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / human leukocyte antigen / graft rejection / HLA / HLA class I / antibodies / autoimmunity / Fab / alloreactive

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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