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タイトルGermline-targeting HIV vaccination induces neutralizing antibodies to the CD4 binding site.
ジャーナル・号・ページSci Immunol, Vol. 9, Issue 98, Page eadk9550, Year 2024
掲載日2024年8月30日
著者Tom G Caniels / Max Medina-Ramìrez / Shiyu Zhang / Sven Kratochvil / Yuejiao Xian / Ja-Hyun Koo / Ronald Derking / Jakob Samsel / Jelle van Schooten / Simone Pecetta / Edward Lamperti / Meng Yuan / María Ríos Carrasco / Iván Del Moral Sánchez / Joel D Allen / Joey H Bouhuijs / Anila Yasmeen / Thomas J Ketas / Jonne L Snitselaar / Tom P L Bijl / Isabel Cuella Martin / Jonathan L Torres / Albert Cupo / Lisa Shirreff / Kenneth Rogers / Rosemarie D Mason / Mario Roederer / Kelli M Greene / Hongmei Gao / Catarina Mendes Silva / Isabel J L Baken / Ming Tian / Frederick W Alt / Bali Pulendran / Michael S Seaman / Max Crispin / Marit J van Gils / David C Montefiori / Adrian B McDermott / François J Villinger / Richard A Koup / John P Moore / Per Johan Klasse / Gabriel Ozorowski / Facundo D Batista / Ian A Wilson / Andrew B Ward / Rogier W Sanders /
PubMed 要旨Eliciting potent and broadly neutralizing antibodies (bnAbs) is a major goal in HIV-1 vaccine development. Here, we describe how germline-targeting immunogen BG505 SOSIP germline trimer 1.1 (GT1.1), ...Eliciting potent and broadly neutralizing antibodies (bnAbs) is a major goal in HIV-1 vaccine development. Here, we describe how germline-targeting immunogen BG505 SOSIP germline trimer 1.1 (GT1.1), generated through structure-based design, engages a diverse range of VRC01-class bnAb precursors. A single immunization with GT1.1 expands CD4 binding site (CD4bs)-specific VRC01-class B cells in knock-in mice and drives VRC01-class maturation. In nonhuman primates (NHPs), GT1.1 primes CD4bs-specific neutralizing serum responses. Selected monoclonal antibodies (mAbs) isolated from GT1.1-immunized NHPs neutralize fully glycosylated BG505 virus. Two mAbs, 12C11 and 21N13, neutralize subsets of diverse heterologous neutralization-resistant viruses. High-resolution structures revealed that 21N13 targets the same conserved residues in the CD4bs as VRC01-class and CH235-class bnAbs despite its low sequence similarity (~40%), whereas mAb 12C11 binds predominantly through its heavy chain complementarity-determining region 3. These preclinical data underpin the ongoing evaluation of GT1.1 in a phase 1 clinical trial in healthy volunteers.
リンクSci Immunol / PubMed:39213338 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.46 - 4.7 Å
構造データ

40796

8sw3

EMDB-40796, PDB-8sw3:
BG505 GT1.1 SOSIP in complex with NHP Fabs 12C11 and RM20A3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

40797

8sw4

EMDB-40797, PDB-8sw4:
BG505 GT1.1 SOSIP in complex with NHP Fabs 21N13, 21M20 and RM20A3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.85 Å

PDB-8d01:
The domain-swaped dimer of the HIV-1 CD4bs targeting antibody 21N13
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.46 Å

PDB-8d0y:
Crystal Structure of HIV-1 BG505 SOSIPv8 Trimer in Complex with CD4bs targeting antibody 21N13 and interface targeting antibody 35O22 at 4.7 Angstrom
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 4.7 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • macaca (オナガザル)
  • human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
  • macaca mulatta (アカゲザル)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HIV-1 CD4bs antibody / Domain swap dimer / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / HIV-1 CD4bs antibody; HIV-1 Envelop Protein; / VIRAL PROTEIN / germline targeting / HIV-1 Env / neutralizing antibody / non-human primate antibody / CD4 binding site / fusion peptide

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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