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Structure paper

タイトルPhysical basis of amyloid fibril polymorphism.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 9, Issue 1, Page 699, Year 2018
掲載日2018年2月16日
著者William Close / Matthias Neumann / Andreas Schmidt / Manuel Hora / Karthikeyan Annamalai / Matthias Schmidt / Bernd Reif / Volker Schmidt / Nikolaus Grigorieff / Marcus Fändrich /
PubMed 要旨Polymorphism is a key feature of amyloid fibril structures but it remains challenging to explain these variations for a particular sample. Here, we report electron cryomicroscopy-based ...Polymorphism is a key feature of amyloid fibril structures but it remains challenging to explain these variations for a particular sample. Here, we report electron cryomicroscopy-based reconstructions from different fibril morphologies formed by a peptide fragment from an amyloidogenic immunoglobulin light chain. The observed fibril morphologies vary in the number and cross-sectional arrangement of a structurally conserved building block. A comparison with the theoretically possible constellations reveals the experimentally observed spectrum of fibril morphologies to be governed by opposing sets of forces that primarily arise from the β-sheet twist, as well as peptide-peptide interactions within the fibril cross-section. Our results provide a framework for rationalizing and predicting the structure and polymorphism of cross-β fibrils, and suggest that a small number of physical parameters control the observed fibril architectures.
リンクNat Commun / PubMed:29453354 / PubMed Central
手法EM (らせん対称)
解像度8.4 - 20.3 Å
構造データ

EMDB-3986:
Morphology II - cross-beta amyloid fibril structure from the IGSNVVTWYQQL peptide of AL immunoglobulin light chain by cryo-EM
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 8.4 Å

EMDB-3987:
Morphology III - cross-beta amyloid fibril structure from the IGSNVVTWYQQL peptide of AL immunoglobulin light chain by cryo-EM
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 9.3 Å

EMDB-3988:
Morphology IV - cross-beta amyloid fibril structure from the IGSNVVTWYQQL peptide of AL immunoglobulin light chain by cryo-EM
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 9.7 Å

EMDB-3989:
Morphology V - cross-beta amyloid fibril structure from the IGSNVVTWYQQL peptide of AL immunoglobulin light chain by cryo-EM
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 9.4 Å

EMDB-3990:
Morphology VI - cross-beta amyloid fibril structure from the IGSNVVTWYQQL peptide of AL immunoglobulin light chain by cryo-EM
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 13.4 Å

EMDB-3991:
Morphology VII - cross-beta amyloid fibril structure from the IGSNVVTWYQQL peptide of AL immunoglobulin light chain by cryo-EM
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 15.9 Å

EMDB-3992:
Morphology VIII - cross-beta amyloid fibril structure from the IGSNVVTWYQQL peptide of AL immunoglobulin light chain by cryo-EM
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 18.2 Å

EMDB-3993:
Morphology IX - cross-beta amyloid fibril structure from the IGSNVVTWYQQL peptide of AL immunoglobulin light chain by cryo-EM
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 20.3 Å

EMDB-3994:
Morphology X - cross-beta amyloid fibril structure from the IGSNVVTWYQQL peptide of AL immunoglobulin light chain by cryo-EM
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 17.7 Å

由来
  • Homo sapiens (ヒト)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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