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タイトルAntiviral signaling of a type III CRISPR-associated deaminase.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 387, Issue 6736, Page eadr0393, Year 2025
掲載日2025年2月21日
著者Yutao Li / Zhaoxing Li / Purui Yan / Chenyang Hua / Jianping Kong / Wanqian Wu / Yurong Cui / Yan Duan / Shunxiang Li / Guanglei Li / Shunli Ji / Yijun Chen / Yucheng Zhao / Peng Yang / Chunyi Hu / Meiling Lu / Meirong Chen / Yibei Xiao /
PubMed 要旨Prokaryotes have evolved diverse defense strategies against viral infection, including foreign nucleic acid degradation by CRISPR-Cas systems and DNA and RNA synthesis inhibition through nucleotide ...Prokaryotes have evolved diverse defense strategies against viral infection, including foreign nucleic acid degradation by CRISPR-Cas systems and DNA and RNA synthesis inhibition through nucleotide pool depletion. Here, we report an antiviral mechanism of type III CRISPR-Cas-regulated adenosine triphosphate (ATP) depletion in which ATP is converted into inosine triphosphate (ITP) by CRISPR-Cas-associated adenosine deaminase (CAAD) upon activation by either cA or cA, followed by hydrolysis into inosine monophosphate (IMP) by Nudix hydrolase, ultimately resulting in cell growth arrest. The cryo-electron microscopy structures of CAAD in its apo and activated forms, together with biochemical evidence, revealed how cA or cA binds to the CRISPR-associated Rossmann fold (CARF) domain and abrogates CAAD autoinhibition, inducing substantial conformational changes that reshape the structure of CAAD and induce its deaminase activity. Our results reveal the mechanism of a CRISPR-Cas-regulated ATP depletion antiviral strategy.
リンクScience / PubMed:39666823
手法EM (単粒子)
解像度2.28 - 3.89 Å
構造データ

39746

8z3k

EMDB-39746: The structure of type III CRISPR-associated deaminase in complex 2cA6 and 2ATP, partial activated
PDB-8z3k: The structure of type III CRISPR-associated deaminase in complex 2cA6-2ATP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.19 Å

39750

8z3p

EMDB-39750, PDB-8z3p:
The structure of type III CRISPR-associated deaminase in complex cA6 and ATP, fully activated
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

39752

8z3r

EMDB-39752, PDB-8z3r:
The structure of type III CRISPR-associated deaminase in complex cA4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.28 Å

39759

8z40

EMDB-39759, PDB-8z40:
The structure of type III CRISPR-associated deaminase apo form
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.26 Å

EMDB-39945: Focused map for area 1 of type III CRISPR-associated deaminase in complex cA4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.63 Å

EMDB-39951: Raw consensus map of type III CRISPR-associated deaminase in complex cA4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.42 Å

EMDB-39952: Focused map for area 2 of type III CRISPR-associated deaminase in complex cA4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.61 Å

EMDB-39953: Focused map for area 3 of type III CRISPR-associated deaminase in complex cA4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.66 Å

EMDB-39955: Focused map for area 1 of type III CRISPR-associated deaminase in complex cA6 and ATP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.67 Å

EMDB-39965: Focused map for area 2 of type III CRISPR-associated deaminase in complex cA6 and ATP, fully activated
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.89 Å

EMDB-39966: Focused map for area 3 of type III CRISPR-associated deaminase in complex cA6 and ATP, fully activated
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.59 Å

EMDB-39967: Raw consensus map of type III CRISPR-associated deaminase in complex 2cA6 and 2ATP, partial activated
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.34 Å

EMDB-39968: Focused map for area 1 of type III CRISPR-associated deaminase in complex 2cA6 and 2ATP, partial activated
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.71 Å

EMDB-39969: Focused map for area 2 of type III CRISPR-associated deaminase in complex 2cA6 and 2ATP, partial activated
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.37 Å

EMDB-60045: Raw consensus map of type III CRISPR-associated deaminase in complex cA6 and ATP, fully activated
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry

ChemComp-LQJ:
3'-O-[(R)-{[(2S,3aS,4S,6S,6aS)-6-(6-amino-9H-purin-9-yl)-2-hydroxy-2-oxotetrahydro-2H-2lambda~5~-furo[3,4-d][1,3,2]dioxaphosphol-4-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]adenosine

由来
  • limisphaera ngatamarikiensis (バクテリア)
キーワードIMMUNE SYSTEM / defense system / deaminase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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