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タイトルStructural basis of RNA polymerase complexes in African swine fever virus.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 501, Year 2025
掲載日2025年1月8日
著者Guoliang Zhu / Fei Xi / Wuxia Zeng / Yifei Zhao / Weijun Cao / Chen Liu / Fan Yang / Yi Ru / Shuqi Xiao / Shilei Zhang / Huanan Liu / Hong Tian / Fayu Yang / Biao Lu / Shukai Sun / Haiyang Song / Bozhang Sun / Xiaoyi Zhao / Lijie Tang / Kangli Li / Jijun He / Jianhong Guo / Yun Zhu / Zixiang Zhu / Fei Sun / Haixue Zheng /
PubMed 要旨African swine fever virus is highly contagious and causes a fatal infectious disease in pigs, resulting in a significant global impact on pork supply. The African swine fever virus RNA polymerase ...African swine fever virus is highly contagious and causes a fatal infectious disease in pigs, resulting in a significant global impact on pork supply. The African swine fever virus RNA polymerase serves as a crucial multifunctional protein complex responsible for genome transcription and regulation. Therefore, it is essential to investigate its structural and functional characteristics for the prevention and control of African swine fever. Here, we determine the structures of endogenous African swine fever virus RNA polymerase in both nucleic acid-free and elongation states. The African swine fever virus RNA polymerase shares similarities with the core of typical RNA polymerases, but possesses a distinct subunit M1249L. Notably, the dynamic binding mode of M1249L with RNA polymerase, along with the C-terminal tail insertion of M1249L in the active center of DNA-RNA scaffold binding, suggests the potential of M1249L to regulate RNA polymerase activity within cells. These results are important for understanding the transcription cycle of the African swine fever virus and for developing antiviral strategies.
リンクNat Commun / PubMed:39779680 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.4 - 3.0 Å
構造データ

38745

8xx4

EMDB-38745, PDB-8xx4:
ASFV RNAP elongation complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

38746

8xx5

EMDB-38746, PDB-8xx5:
ASFV RNAP M1249L C-tail occupied complex1 (MCOC1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

38757

8xxp

EMDB-38757, PDB-8xxp:
ASFV RNAP core complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

38760

8xxt

EMDB-38760, PDB-8xxt:
ASFV RNAP M1249L C-tail occupied complex2 (MCOC2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.85 Å

38767

8xy6

EMDB-38767, PDB-8xy6:
ASFV RNAP M1249L C-tail occupied complex3 (MCOC3)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

38802

8y0e

EMDB-38802, PDB-8y0e:
ASFV RNAP M1249L C-tail occupied complex4 (MCOC4)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • african swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
キーワードTRANSCRIPTION/RNA/DNA / ASFV / RNAP / elongation complex / TRANSCRIPTION-RNA-DNA complex / TRANSCRIPTION / M1249L C-tail occupied complex1 (MCOC1) / core complex / M1249L C-tail occupied complex2 (MCOC2) / M1249L C-tail occupied complex3 (MCOC3) / M1249L C-tail occupied complex4 (MCOC4)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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