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タイトルBacterial Rps3 counters oxidative and UV stress by recognizing and processing AP-sites on mRNA via a novel mechanism.
ジャーナル・号・ページNucleic Acids Res, Vol. 52, Issue 22, Page 13996-14012, Year 2024
掲載日2024年12月11日
著者Mohammad Afsar / Ankita Shukla / Faiz Ali / Rahul Kumar Maurya / Suman Bharti / Nelam Kumar / Mohammad Sadik / Surabhi Chandra / Huma Rahil / Sanjay Kumar / Imran Ansari / Farheen Jahan / Saman Habib / Tanweer Hussain / Manju Yasoda Krishnan / Ravishankar Ramachandran /
PubMed 要旨Lesions and stable secondary structures in mRNA severely impact the translation efficiency, causing ribosome stalling and collisions. Prokaryotic ribosomal proteins Rps3, Rps4 and Rps5, located in ...Lesions and stable secondary structures in mRNA severely impact the translation efficiency, causing ribosome stalling and collisions. Prokaryotic ribosomal proteins Rps3, Rps4 and Rps5, located in the mRNA entry tunnel, form the mRNA helicase center and unwind stable mRNA secondary structures during translation. However, the mechanism underlying the detection of lesions on translating mRNA is unclear. We used Cryo-EM, biochemical assays, and knockdown experiments to investigate the apurinic/apyrimidinic (AP) endoribonuclease activity of bacterial ribosomes on AP-site containing mRNA. Our biochemical assays show that Rps3, specifically the 130RR131 motif, is important for recognizing and performing the AP-endoribonuclease activity. Furthermore, structural analysis revealed cleaved mRNA product in the 30S ribosome entry tunnel. Additionally, knockdown studies in Mycobacterium tuberculosis confirmed the protective role of Rps3 against oxidative and UV stress. Overall, our results show that prokaryotic Rps3 recognizes and processes AP-sites on mRNA via a novel mechanism that is distinct from eukaryotes.
リンクNucleic Acids Res / PubMed:39588766 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.39 - 3.88 Å
構造データ

36854

8k3o

EMDB-36854, PDB-8k3o:
Cryo-EM structure of 30S ribosome with cleaved AP-mRNA bound complex I
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.88 Å

EMDB-36860: Cryo-EM structure of 30S ribosome with cleaved AP-mRNA bound complex (Body 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.39 Å

EMDB-36868: Cryo-EM structure of 30S ribosome with cleaved AP-mRNA bound complex (Body 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.52 Å

36883

8k4e

EMDB-36883, PDB-8k4e:
Cryo-EM structure of 30S ribosome with cleaved AP-mRNA bound complex-II
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-36885: Cryo-EM structure of 30S ribosome with cleaved AP-mRNA bound complex-II (Body 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-36886: Cryo-EM structure of 30S ribosome with cleaved AP-mRNA bound complex-II (Body 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

由来
  • escherichia coli k-12 (大腸菌)
キーワードRIBOSOME / AP-mRNA / 30S Ribosome

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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