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Structure paper

タイトルStructural and catalytic insights into MhpB: A dioxygenase enzyme for degrading catecholic pollutants.
ジャーナル・号・ページJ Hazard Mater, Vol. 488, Page 137431, Year 2025
掲載日2025年1月28日
著者Xu Dong / Manli Xu / Miao Wu / Ying Wang / Xiaoqi Cheng / Wenxue Jiang / Dule Zheng / Ahmed Habiba Omar / Yibin Cheng / Aitao Li / Lixin Ma / Qiong Xing /
PubMed 要旨The increasing environmental pollution from persistent aromatic compounds requires effective biodegradation strategies. In this study, we focused on MhpB, an extradiol dioxygenase (EDO) from ...The increasing environmental pollution from persistent aromatic compounds requires effective biodegradation strategies. In this study, we focused on MhpB, an extradiol dioxygenase (EDO) from Escherichia coli. It is known for its role in the degradation of catechols, key intermediates in the degradation of aromatic compounds. We report the high-resolution structure of MhpB determined by cryo-electron microscopy, revealing a decameric conformation with the catalytic chamber at the side. The structure-based analysis allowed us to investigate the substrate-enzyme interaction and the substrate selectivity, which are crucial for its catalytic function. Site-directed mutagenesis was used to modulate the in vitro and in vivo substrate preference of MhpB, enhancing its potential for industrial applications in pollutant degradation. The study provides insight into the mechanism of the enzyme and paves the way for the development of engineered EDOs for environmental remediation of aromatic pollutants.
リンクJ Hazard Mater / PubMed:39892151
手法EM (単粒子)
解像度2.59 - 2.72 Å
構造データ

36757

8k04

EMDB-36757, PDB-8k04:
CryoEM structure of a 2,3-hydroxycinnamic acid 1,2-dioxygenase MhpB in apo form
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.72 Å

62561

9kti

EMDB-62561, PDB-9kti:
CryoEM structure of a 2,3-hydroxycinnamic acid 1,2-dioxygenase MhpB in substrate bound form
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.59 Å

化合物

ChemComp-FE2:
Unknown entry

PDB-1eg2:
CRYSTAL STRUCTURE OF RHODOBACTER SPHEROIDES (N6 ADENOSINE) METHYLTRANSFERASE (M.RSRI)

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
  • escherichia coli k-12 (大腸菌)
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / dioxygenase / 2 / 3-hydroxycinnamic acid 1 / 2-dioxygenase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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