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Structure paper

タイトルStructural basis of the transcription termination factor Rho engagement with transcribing RNA polymerase from .
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 9, Issue 6, Page eade7093, Year 2023
掲載日2023年2月10日
著者Yuko Murayama / Haruhiko Ehara / Mari Aoki / Mie Goto / Takeshi Yokoyama / Shun-Ichi Sekine /
PubMed 要旨Transcription termination is an essential step in transcription by RNA polymerase (RNAP) and crucial for gene regulation. For many bacterial genes, transcription termination is mediated by the ...Transcription termination is an essential step in transcription by RNA polymerase (RNAP) and crucial for gene regulation. For many bacterial genes, transcription termination is mediated by the adenosine triphosphate-dependent RNA translocase/helicase Rho, which causes RNA/DNA dissociation from the RNAP elongation complex (EC). However, the structural basis of the interplay between Rho and RNAP remains obscure. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of the RNAP EC engaged with Rho. The Rho hexamer binds RNAP through the carboxyl-terminal domains, which surround the RNA exit site of RNAP, directing the nascent RNA seamlessly from the RNA exit to its central channel. The β-flap tip at the RNA exit is critical for the Rho-dependent RNA release, and its deletion causes an alternative Rho-RNAP binding mode, which is irrelevant to termination. The Rho binding site overlaps with the binding sites of other macromolecules, such as ribosomes, providing a general basis of gene regulation.
リンクSci Adv / PubMed:36753546 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.2 - 5.8 Å
構造データ

EMDB-34996, PDB-8hsg:
Thermus thermophilus RNA polymerase elongation complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-34997, PDB-8hsh:
Thermus thermophilus RNA polymerase coreenzyme
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-34999, PDB-8hsj:
Thermus thermophilus transcription termination factor Rho bound with ADP-BeF3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-35000, PDB-8hsl:
Thermus thermophilus RNA polymerase bound with an inverted Rho hexamer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.8 Å

EMDB-35004, PDB-8hsr:
Thermus thermophilus Rho-engaged RNAP elongation complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-36744: Thermus thermophilus Rho-engaged RNAP elongation complex; EC part
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.74 Å

EMDB-36745: Thermus thermophilus Rho-engaged RNAP elongation complex; Rho part
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

ChemComp-BEF:
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

由来
  • thermus thermophilus hb8 (サーマス・サーモフィルス)
  • dna molecule (デオキシリボ核酸)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Transcription elongation complex / RNA polymerase (RNAポリメラーゼ) / RNA polymerase coreenzyme / Transcription termination / ATP-dependent RNA/DNA helicase/translocase / transcription termination factor Rho

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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