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タイトルStructural basis of BAM-mediated outer membrane β-barrel protein assembly.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 617, Issue 7959, Page 185-193, Year 2023
掲載日2023年4月26日
著者Chongrong Shen / Shenghai Chang / Qinghua Luo / Kevin Chun Chan / Zhibo Zhang / Bingnan Luo / Teng Xie / Guangwen Lu / Xiaofeng Zhu / Xiawei Wei / Changjiang Dong / Ruhong Zhou / Xing Zhang / Xiaodi Tang / Haohao Dong /
PubMed 要旨The outer membrane structure is common in Gram-negative bacteria, mitochondria and chloroplasts, and contains outer membrane β-barrel proteins (OMPs) that are essential interchange portals of ...The outer membrane structure is common in Gram-negative bacteria, mitochondria and chloroplasts, and contains outer membrane β-barrel proteins (OMPs) that are essential interchange portals of materials. All known OMPs share the antiparallel β-strand topology, implicating a common evolutionary origin and conserved folding mechanism. Models have been proposed for bacterial β-barrel assembly machinery (BAM) to initiate OMP folding; however, mechanisms by which BAM proceeds to complete OMP assembly remain unclear. Here we report intermediate structures of BAM assembling an OMP substrate, EspP, demonstrating sequential conformational dynamics of BAM during the late stages of OMP assembly, which is further supported by molecular dynamics simulations. Mutagenic in vitro and in vivo assembly assays reveal functional residues of BamA and EspP for barrel hybridization, closure and release. Our work provides novel insights into the common mechanism of OMP assembly.
リンクNature / PubMed:37100902
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 3.5 Å
構造データ

16137

8bnz

EMDB-16137, PDB-8bnz:
BAM-EspP complex structure with BamA-G431C/EspP-N1293C mutations in nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

16138

8bo2

EMDB-16138, PDB-8bo2:
BAM-EspP complex structure with BamA-S425C/EspP-S1299C mutations in nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

33763

7ye4

EMDB-33763, PDB-7ye4:
BAM-EspP complex structure with BamA-G431C and G781C/EspP-N1293C and A1043C mutations in nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

33765

7ye6

EMDB-33765, PDB-7ye6:
BAM-EspP complex structure with BamA-N427C/EspP-R1297C mutations in nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

由来
  • escherichia coli k-12 (大腸菌)
  • escherichia coli o157:h7 (大腸菌)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / BAM / BamABCDE / EspP / Gram-negative bacteria (グラム陰性菌) / outer membrane protein / outer membrane barrel / BamA / BamB / BamC / BamD / BamE / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Outer membrane protein insertion and release

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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