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タイトルPotent Omicron-neutralizing antibodies isolated from a patient vaccinated 6 months before Omicron emergence.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 42, Issue 5, Page 112421, Year 2023
掲載日2023年4月10日
著者Kathryn M Hastie / Xiaoying Yu / Fernanda Ana-Sosa-Batiz / Dawid S Zyla / Stephanie S Harkins / Chitra Hariharan / Hal Wasserman / Michelle A Zandonatti / Robyn Miller / Erin Maule / Kenneth Kim / Kristen M Valentine / Sujan Shresta / Erica Ollmann Saphire /
PubMed 要旨Therapeutic antibodies are an important tool in the arsenal against coronavirus infection. However, most antibodies developed early in the pandemic have lost most or all efficacy against newly ...Therapeutic antibodies are an important tool in the arsenal against coronavirus infection. However, most antibodies developed early in the pandemic have lost most or all efficacy against newly emergent strains of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), particularly those of the Omicron lineage. Here, we report the identification of a panel of vaccinee-derived antibodies that have broad-spectrum neutralization activity. Structural and biochemical characterization of the three broadest-spectrum antibodies reveal complementary footprints and differing requirements for avidity to overcome variant-associated mutations in their binding footprints. In the K18 mouse model of infection, these three antibodies exhibit protective efficacy against BA.1 and BA.2 infection. This study highlights the resilience and vulnerabilities of SARS-CoV-2 antibodies and provides road maps for further development of broad-spectrum therapeutics.
リンクCell Rep / PubMed:37083327 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.57 - 25.0 Å
構造データ

28756

8f0g

EMDB-28756, PDB-8f0g:
Structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike in complex with antibody Fab 1C3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.35 Å

28757

8f0h

EMDB-28757, PDB-8f0h:
Structure of SARS-CoV-2 spike with antibody Fabs 2A10 and 1H2 (Local refinement of the RBD and Fabs 1H2 and 2A10)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.18 Å

EMDB-28763: Negative stain EM map of SARS-CoV-2 D614G Spike in complex with 2A10 IgG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.0 Å

EMDB-28764: Negative stain EM map of SARS-CoV-2 D614G Spike in complex with 4H4 IgG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.0 Å

EMDB-28765: Negative stain EM map of SARS-CoV-2 D614G Spike in complex with 1C3 IgG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-28769: Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Omicron BA.1 Spike in complex with 1C3 IgG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-28770: Negative stain EM map of SARS-CoV-2 D614G Spike in complex with 2G3 IgG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-28771: Negative stain EM map of SARS-CoV-2 D614G Spike in complex with 2E6 IgG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-28772: Negative stain EM map of SARS-CoV-2 D614G Spike in complex with 1H2 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-28773: Negative stain EM map of SARS-CoV-2 D614G Spike in complex with 1G8 IgG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

PDB-8e1g:
SARS-CoV-2 RBD in complex with Omicron-neutralizing antibody 2A10
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.57 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / Omicron / antibody / neutralizing / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / glycoprotein / immune system / COVID / VIRAL PROTEIN-Immune System complex / coronavirus

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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