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タイトルpH-tunable membrane-active polymers, NCMNP2a-, and their potential membrane protein applications.
ジャーナル・号・ページChem Sci, Vol. 14, Issue 26, Page 7310-7326, Year 2023
掲載日2023年7月5日
著者Thi Kim Hoang Trinh / Andres Jorge Cabezas / Soumil Joshi / Claudio Catalano / Abu Bakkar Siddique / Weihua Qiu / Sanket Deshmukh / Amedee des Georges / Youzhong Guo /
PubMed 要旨Accurate 3D structures of membrane proteins are essential for comprehending their mechanisms of action and designing specific ligands to modulate their activities. However, these structures are still ...Accurate 3D structures of membrane proteins are essential for comprehending their mechanisms of action and designing specific ligands to modulate their activities. However, these structures are still uncommon due to the involvement of detergents in the sample preparation. Recently, membrane-active polymers have emerged as an alternative to detergents, but their incompatibility with low pH and divalent cations has hindered their efficacy. Herein, we describe the design, synthesis, characterization, and application of a new class of pH-tunable membrane-active polymers, NCMNP2a-. The results demonstrated that NCMNP2a- could be used for high-resolution single-particle cryo-EM structural analysis of AcrB in various pH conditions and can effectively solubilize TSPO with the function preserved. Molecular dynamic simulation is consistent with experimental data that shed great insights into the working mechanism of this class of polymers. These results demonstrated that NCMNP2a- might have broad applications in membrane protein research.
リンクChem Sci / PubMed:37416719 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.05 - 3.51 Å
構造データ

24653

7rr6

EMDB-24653, PDB-7rr6:
Multidrug efflux pump subunit AcrB
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

24654

7rr7

EMDB-24654, PDB-7rr7:
Multidrug efflux pump subunit AcrB
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.05 Å

24655

7rr8

EMDB-24655, PDB-7rr8:
Multidrug efflux pump subunit AcrB
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.51 Å

化合物

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

ChemComp-D12:
DODECANE / ドデカン

由来
  • escherichia coli (strain k12) (大腸菌)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Multidrug efflux pump subunit AcrB / NCMN

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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