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タイトルMammalian Retromer Is an Adaptable Scaffold for Cargo Sorting from Endosomes.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 28, Issue 4, Page 393-405.e4, Year 2020
掲載日2020年4月7日
著者Amy K Kendall / Boyang Xie / Peng Xu / Jue Wang / Rodger Burcham / Meredith N Frazier / Elad Binshtein / Hui Wei / Todd R Graham / Terunaga Nakagawa / Lauren P Jackson /
PubMed 要旨Metazoan retromer (VPS26/VPS35/VPS29) associates with sorting nexins on endosomal tubules to sort proteins to the trans-Golgi network or plasma membrane. Mechanisms of metazoan retromer assembly ...Metazoan retromer (VPS26/VPS35/VPS29) associates with sorting nexins on endosomal tubules to sort proteins to the trans-Golgi network or plasma membrane. Mechanisms of metazoan retromer assembly remain undefined. We combine single-particle cryoelectron microscopy with biophysical methods to uncover multiple oligomer structures. 2D class averages reveal mammalian heterotrimers; dimers of trimers; tetramers of trimers; and flat chains. These species are further supported by biophysical solution studies. We provide reconstructions of all species, including key sub-structures (∼5 Å resolution). Local resolution variation suggests that heterotrimers and dimers adopt multiple conformations. Our structures identify a flexible, highly conserved electrostatic dimeric interface formed by VPS35 subunits. We generate structure-based mutants to disrupt this interface in vitro. Equivalent mutations in yeast demonstrate a mild cargo-sorting defect. Our data suggest the metazoan retromer is an adaptable and plastic scaffold that accommodates interactions with different sorting nexins to sort multiple cargoes from endosomes their final destinations.
リンクStructure / PubMed:32027819 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.9 - 25.5 Å
構造データ

EMDB-21101:
Mouse retromer (VPS26/VPS35/VPS29) tetramer of heterotrimers
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.5 Å

EMDB-21116:
Mouse retromer (VPS26/VPS35/VPS29) chain interface I (VPS35/VPS35 dimer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.9 Å

EMDB-21117:
Mouse retromer (VPS26/VPS35/VPS29) dimer of heterotrimers
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.3 Å

EMDB-21118:
Mouse retromer (VPS26/VPS35/VPS29) chain interface II (VPS26/VPS26 dimer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 16.9 Å

EMDB-21119:
Mouse retromer sub-structure: VPS35/VPS35 curved dimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.3 Å

21135

6vab

EMDB-21135, PDB-6vab:
Mouse retromer sub-structure: VPS35/VPS35 flat dimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.9 Å

21136

6vac

EMDB-21136, PDB-6vac:
Mouse retromer (VPS26/VPS35/VPS29) heterotrimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.7 Å

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードPROTEIN TRANSPORT / retromer (レトロマー) / membrane trafficking / endosomal trafficking / membrane coat complexes

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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