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Structure paper

タイトルConformational flexibility of RNA polymerase III during transcriptional elongation.
ジャーナル・号・ページEMBO J, Vol. 29, Issue 22, Page 3762-3772, Year 2010
掲載日2010年11月17日
著者Carlos Fernández-Tornero / Bettina Böttcher / Umar Jan Rashid / Ulrich Steuerwald / Beate Flörchinger / Damien P Devos / Doris Lindner / Christoph W Müller /
PubMed 要旨RNA polymerase (Pol) III is responsible for the transcription of genes encoding small RNAs, including tRNA, 5S rRNA and U6 RNA. Here, we report the electron cryomicroscopy structures of yeast Pol III ...RNA polymerase (Pol) III is responsible for the transcription of genes encoding small RNAs, including tRNA, 5S rRNA and U6 RNA. Here, we report the electron cryomicroscopy structures of yeast Pol III at 9.9 Å resolution and its elongation complex at 16.5 Å resolution. Particle sub-classification reveals prominent EM densities for the two Pol III-specific subcomplexes, C31/C82/C34 and C37/C53, that can be interpreted using homology models. While the winged-helix-containing C31/C82/C34 subcomplex initiates transcription from one side of the DNA-binding cleft, the C37/C53 subcomplex accesses the transcription bubble from the opposite side of this cleft. The transcribing Pol III enzyme structure not only shows the complete incoming DNA duplex, but also reveals the exit path of newly synthesized RNA. During transcriptional elongation, the Pol III-specific subcomplexes tightly enclose the incoming DNA duplex, which likely increases processivity and provides structural insights into the conformational switch between Pol III-mediated initiation and elongation.
リンクEMBO J / PubMed:20967027 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度10.0 - 16.5 Å
構造データ

EMDB-1802:
Conformational flexibility of RNA polymerase III during transcriptional elongation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 11.5 Å

EMDB-1803:
Conformational flexibility of RNA polymerase III during transcriptional elongation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 16.5 Å

EMDB-1804:
Conformational flexibility of RNA polymerase III during transcriptional elongation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.0 Å

由来
  • Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • synthetic construct (人工物)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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