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Structure paper

タイトルFilament structure of bacterial tubulin homologue TubZ.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 107, Issue 46, Page 19766-19771, Year 2010
掲載日2010年11月16日
著者Christopher H S Aylett / Qing Wang / Katharine A Michie / Linda A Amos / Jan Löwe /
PubMed 要旨Low copy number plasmids often depend on accurate partitioning systems for their continued survival. Generally, such systems consist of a centromere-like region of DNA, a DNA-binding adaptor, and a ...Low copy number plasmids often depend on accurate partitioning systems for their continued survival. Generally, such systems consist of a centromere-like region of DNA, a DNA-binding adaptor, and a polymerizing cytomotive filament. Together these components drive newly replicated plasmids to opposite ends of the dividing cell. The Bacillus thuringiensis plasmid pBToxis relies on a filament of the tubulin/FtsZ-like protein TubZ for its segregation. By combining crystallography and electron microscopy, we have determined the structure of this filament. We explain how GTP hydrolysis weakens the subunit-subunit contact and also shed light on the partitioning of the plasmid-adaptor complex. The double helical superstructure of TubZ filaments is unusual for tubulin-like proteins. Filaments of ParM, the actin-like partitioning protein, are also double helical. We suggest that convergent evolution shapes these different types of cytomotive filaments toward a general mechanism for plasmid separation.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:20974911 / PubMed Central
手法EM (らせん対称) / X線回折
解像度3 - 35.0 Å
構造データ

EMDB-1757:
The Structure of TubZ filaments
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 35.0 Å

EMDB-1758:
Quadruple filaments of TubZ
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 35.0 Å

EMDB-1759:
Double helical filaments of an N-terminal thioredoxin fusion of TubZ
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 35.0 Å

EMDB-1760:
Double filaments of C-terminally GFP-fused TubZ
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 35.0 Å

PDB-2xka:
Crystal structure of a GTPyS-form protofilament of Bacillus thuringiensis serovar israelensis TubZ
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3 Å

PDB-2xkb:
Crystal structure of GDP-form protofilaments of Bacillus thuringiensis serovar israelensis TubZ
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3 Å

化合物

ChemComp-GSP:
5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE

ChemComp-MG:
Unknown entry

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • bacillus thuringiensis (バクテリア)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / MOTOR PROTEIN / CYTOSKELETON / CYTOMOTIVE / DNA SEGREGATION / MICROTUBULE / PBTOXIS / PBT156 / REPX / TUBR

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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