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タイトルChAdOx1 COVID vaccines express RBD open prefusion SARS-CoV-2 spikes on the cell surface.
ジャーナル・号・ページiScience, Vol. 26, Issue 10, Page 107882, Year 2023
掲載日2023年10月20日
著者Tao Ni / Luiza Mendonça / Yanan Zhu / Andrew Howe / Julika Radecke / Pranav M Shah / Yuewen Sheng / Anna-Sophia Krebs / Helen M E Duyvesteyn / Elizabeth Allen / Teresa Lambe / Cameron Bisset / Alexandra Spencer / Susan Morris / David I Stuart / Sarah Gilbert / Peijun Zhang /
PubMed 要旨Vaccines against severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) have been proven to be an effective means of decreasing COVID-19 mortality, hospitalization rates, and transmission. One ...Vaccines against severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) have been proven to be an effective means of decreasing COVID-19 mortality, hospitalization rates, and transmission. One of the vaccines deployed worldwide is ChAdOx1 nCoV-19, which uses an adenovirus vector to drive the expression of the original SARS-CoV-2 spike on the surface of transduced cells. Using cryo-electron tomography and subtomogram averaging, we determined the native structures of the vaccine product expressed on cell surfaces . We show that ChAdOx1-vectored vaccines expressing the Beta SARS-CoV-2 variant produce abundant native prefusion spikes predominantly in one-RBD-up conformation. Furthermore, the ChAdOx1-vectored HexaPro-stabilized spike yields higher cell surface expression, enhanced RBD exposure, and reduced shedding of S1 compared to the wild type. We demonstrate structure determination as a powerful means for studying antigen design options in future vaccine development against emerging novel SARS-CoV-2 variants and broadly against other infectious viruses.
リンクiScience / PubMed:37766989 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度9.0 - 11.9 Å
構造データ

EMDB-16403: Subtomogram averaging of a coronavirus spike (ChAdOx1 19E6) in C3 symmetry
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.0 Å

EMDB-16404: Subtomogram averaging of a coronavirus spike (ChAdOx1 19E6) in C1 symmetry
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.7 Å

EMDB-16405: Subtomogram averaging of a coronavirus spike (ChAdOx1 19E) in C3 symmetry
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.6 Å

EMDB-16406: Subtomogram averaging of a coronavirus spike in situ (ChAdOx1 19E) in C1 symmetry
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 11.9 Å

EMDB-16697: Subtomogram averaging of a coronavirus spike (ChAdOx1 19E6) in C1 symmetry after 3D classification
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 10.6 Å

由来
  • Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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