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タイトルA short intrinsically disordered region at KtrB's N-terminus facilitates allosteric regulation of K channel KtrAB.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 4252, Year 2025
掲載日2025年5月7日
著者Janina Stautz / David Griwatz / Susann Kaltwasser / Ahmad Reza Mehdipour / Sophie Ketter / Celina Thiel / Dorith Wunnicke / Marina Schrecker / Deryck J Mills / Gerhard Hummer / Janet Vonck / Inga Hänelt /
PubMed 要旨K homeostasis is crucial for bacterial survival. The bacterial K+ channel KtrAB is regulated by the binding of ADP and ATP to the cytosolic RCK subunits KtrA. While the ligand-induced conformational ...K homeostasis is crucial for bacterial survival. The bacterial K+ channel KtrAB is regulated by the binding of ADP and ATP to the cytosolic RCK subunits KtrA. While the ligand-induced conformational changes in KtrA are well described, the transmission to the gating regions within KtrB is not understood. Here, we present a cryo-EM structure of the ADP-bound, inactive KtrAB complex from Vibrio alginolyticus, which resolves part of KtrB's N termini. They are short intrinsically disordered regions (IDRs) located at the interface of KtrA and KtrB. We reveal that these IDRs play a decisive role in ATP-mediated channel opening, while the closed ADP-bound state does not depend on the N-termini. We propose an allosteric mechanism, in which ATP-induced conformational changes within KtrA trigger an interaction of KtrB's N-terminal IDRs with the membrane, stabilizing the active and conductive state of KtrAB.
リンクNat Commun / PubMed:40335548 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.82 - 3.56 Å
構造データ

14851

7zp9

EMDB-14851: KtrAB complex
PDB-7zp9: KtrAB complex - KtrA8 ring with a KtrB dimer on each side
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.82 Å

14859

7zpo

EMDB-14859, PDB-7zpo:
native KtrAB complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.24 Å

14862

7zpr

EMDB-14862, PDB-7zpr:
KtrAB complex with N-terminal deletion of KtrB 1-19
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.56 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

ChemComp-K:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • vibrio alginolyticus (バクテリア)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / potassium transporter / membrane transport protein / potassium transport / transporter

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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