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タイトルCryo-EM structures of apo-APC/C and APC/C complexes provide insights into APC/C regulation.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 10074, Year 2024
掲載日2024年11月21日
著者Anna Höfler / Jun Yu / Jing Yang / Ziguo Zhang / Leifu Chang / Stephen H McLaughlin / Geoffrey W Grime / Elspeth F Garman / Andreas Boland / David Barford /
PubMed 要旨APC/C is a multi-subunit complex that functions as a master regulator of cell division. It controls progression through the cell cycle by timely marking mitotic cyclins and other cell cycle ...APC/C is a multi-subunit complex that functions as a master regulator of cell division. It controls progression through the cell cycle by timely marking mitotic cyclins and other cell cycle regulatory proteins for degradation. The APC/C itself is regulated by the sequential action of its coactivator subunits CDC20 and CDH1, post-translational modifications, and its inhibitory binding partners EMI1 and the mitotic checkpoint complex. In this study, we took advantage of developments in cryo-electron microscopy to determine the structures of human APC/C and apo-APC/C at 2.9 Å and 3.2 Å resolution, respectively, providing insights into the regulation of APC/C activity. The high-resolution maps allow the unambiguous assignment of an α-helix to the N-terminus of CDH1 (CDH1) in the APC/C ternary complex. We also identify a zinc-binding module in APC2 that confers structural stability to the complex, and we confirm the presence of zinc ions experimentally. Finally, due to the higher resolution and well defined density of these maps, we are able to build, aided by AlphaFold predictions, several intrinsically disordered regions in different APC/C subunits that likely play a role in proper APC/C assembly and regulation of its activity.
リンクNat Commun / PubMed:39567505 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.85 - 3.2 Å
構造データ

13931

9gaw

EMDB-13931, PDB-9gaw:
High-resolution structure of the Anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) bound to co-activator Cdh1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-13932:
Focused refined map of the catalytic module of the Anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C).
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.17 Å

EMDB-13933:
Focused refined map of the TPR lobe of the Anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.85 Å

17751

8pkp

EMDB-17751, PDB-8pkp:
Cryo-EM structure of the apo Anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) at 3.2 Angstrom resolution
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

19711

9gaw

EMDB-19711: Cryo-EM structure of the Anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) bound to co-activator Cdh1 at 3.2 Angstrom resolution
PDB-9gaw: High-resolution structure of the Anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) bound to co-activator Cdh1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-51070: Focused refined map of the Anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) with mask 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

51190

9gaw

EMDB-51190, PDB-9gaw:
High-resolution structure of the Anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) bound to co-activator Cdh1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードCELL CYCLE / APC/C / cyclosome / Cdc20 / Cdh1 / ubiquitination / Emi1 / mitosis

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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