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タイトルIn-cell architecture of an actively transcribing-translating expressome.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 369, Issue 6503, Page 554-557, Year 2020
掲載日2020年7月31日
著者Francis J O'Reilly / Liang Xue / Andrea Graziadei / Ludwig Sinn / Swantje Lenz / Dimitry Tegunov / Cedric Blötz / Neil Singh / Wim J H Hagen / Patrick Cramer / Jörg Stülke / Julia Mahamid / Juri Rappsilber /
PubMed 要旨Structural biology studies performed inside cells can capture molecular machines in action within their native context. In this work, we developed an integrative in-cell structural approach using the ...Structural biology studies performed inside cells can capture molecular machines in action within their native context. In this work, we developed an integrative in-cell structural approach using the genome-reduced human pathogen We combined whole-cell cross-linking mass spectrometry, cellular cryo-electron tomography, and integrative modeling to determine an in-cell architecture of a transcribing and translating expressome at subnanometer resolution. The expressome comprises RNA polymerase (RNAP), the ribosome, and the transcription elongation factors NusG and NusA. We pinpointed NusA at the interface between a NusG-bound elongating RNAP and the ribosome and propose that it can mediate transcription-translation coupling. Translation inhibition dissociated the expressome, whereas transcription inhibition stalled and rearranged it. Thus, the active expressome architecture requires both translation and transcription elongation within the cell.
リンクScience / PubMed:32732422 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度5.6 - 9.7 Å
構造データ

EMDB-10677:
in-cell 70S ribosome from Mycoplasma pneumoniae
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 5.6 Å

EMDB-10678:
in-cell elongating expressome from Mycoplasma pneumoniae with focused refinement on RNAP
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.2 Å

EMDB-10679:
in-cell elongating expressome from Mycoplasma pneumoniae
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 8.5 Å

EMDB-10680:
Multibody refinement of RNA polymerase-NusA body of Mycoplasma pneumoniae in-cell expressome
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.7 Å

EMDB-10681:
Multibody refinement of 30S ribosome body of Mycoplasma pneumoniae in-cell expressome
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 8.0 Å

EMDB-10682:
Multibody refinement of 50S ribosome body of Mycoplasma pneumoniae in-cell expressome
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.6 Å

EMDB-10683:
70S ribosome from chloramphenicol-treated Mycoplasma pneumoniae cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.5 Å

EMDB-10684:
in-cell stalled expressome from pseudouridimycin-treated Mycoplasma pneumoniae
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.1 Å

EMDB-10685:
Multibody refinement of RNA polymerase body of pseudouridimycin-stalled Mycoplasma pneumoniae in-cell expressome
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 8.1 Å

EMDB-10686:
Multibody refinement of 30S ribosome body of pseudouridimycin-stalled Mycoplasma pneumoniae in-cell expressome
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.8 Å

EMDB-10687:
Multibody refinement of 50S ribosome body of pseudouridimycin-stalled Mycoplasma pneumoniae in-cell expressome
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.2 Å

由来
  • Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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