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Structure paper

タイトルMolecular structure of promoter-bound yeast TFIID.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 9, Issue 1, Page 4666, Year 2018
掲載日2018年11月7日
著者Olga Kolesnikova / Adam Ben-Shem / Jie Luo / Jeff Ranish / Patrick Schultz / Gabor Papai /
PubMed 要旨Transcription preinitiation complex assembly on the promoters of protein encoding genes is nucleated in vivo by TFIID composed of the TATA-box Binding Protein (TBP) and 13 TBP-associate factors (Tafs) ...Transcription preinitiation complex assembly on the promoters of protein encoding genes is nucleated in vivo by TFIID composed of the TATA-box Binding Protein (TBP) and 13 TBP-associate factors (Tafs) providing regulatory and chromatin binding functions. Here we present the cryo-electron microscopy structure of promoter-bound yeast TFIID at a resolution better than 5 Å, except for a flexible domain. We position the crystal structures of several subunits and, in combination with cross-linking studies, describe the quaternary organization of TFIID. The compact tri lobed architecture is stabilized by a topologically closed Taf5-Taf6 tetramer. We confirm the unique subunit stoichiometry prevailing in TFIID and uncover a hexameric arrangement of Tafs containing a histone fold domain in the Twin lobe.
リンクNat Commun / PubMed:30405110 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.5 - 12.13 Å
構造データ

EMDB-0249:
Structure of K. phaffii TFIID
手法: EM (単粒子) / 解像度: 12.13 Å

EMDB-0250:
Taf1 lobe of kpTFIID
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.7 Å

0251

6hqa

EMDB-0251, PDB-6hqa:
Molecular structure of promoter-bound yeast TFIID
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.1 Å

EMDB-0253:
Molecular structure of promoter-bound yeast TFIID (locally-refined Taf2 lobe)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-0254:
Molecular structure of promoter-bound yeast TFIID (locally-refined Taf2 lobe with two Taf6 HEAT repeats)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

EMDB-0255:
Molecular structure of promoter-bound yeast TFIID (locally-refined Twin lobe)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.8 Å

由来
  • komagataella phaffii gs115 (菌類)
  • Yeast (酵母)
  • komagataella phaffii (strain gs115 / atcc 20864) (菌類)
キーワードTRANSCRIPTION / Complex / Transcription initiation

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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