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Structure paper

タイトルMechanisms of human mitochondrial leaderless mRNA translation initiation.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Year 2026
掲載日2026年4月4日
著者Shuangjie Shen / Yinghua Xu / Daniel L Kober / Jinfan Wang /
PubMed 要旨Mitochondrial translation is essential for cellular function, and its dysregulation is associated with mitochondrial disorders and cancer. However, the mechanisms by which human mitochondrial ...Mitochondrial translation is essential for cellular function, and its dysregulation is associated with mitochondrial disorders and cancer. However, the mechanisms by which human mitochondrial ribosomes initiate translation remain poorly understood, particularly because mitochondrial mRNAs generally lack the 5' untranslated regions that guide translation initiation in bacterial and cytoplasmic systems. Using real-time single-molecule fluorescence measurements, biochemical assays, and cryo-EM analysis, we show that human mitochondrial translation initiation occurs through two parallel pathways. In one pathway, leaderless mRNA first loads onto the 28S small subunit, followed by recruitment of the 39S large subunit to form the 55S initiation complex. In the second pathway, a preassembled 55S monosome directly loads onto leaderless mRNA. Both pathways require recruitment of mtIF2 and fMet-tRNA before mRNA binding. However, the monosome-loading pathway tolerates non-formylated Met-tRNA and is suppressed by mtIF3. Together, these findings define the heterogeneous pathways of human mitochondrial translation initiation on leaderless mRNAs.
リンクNat Commun / PubMed:41935065
手法EM (単粒子)
解像度2.5 - 3.01 Å
構造データ

EMDB-70533: Human 28S in complex with mtIF2 and mtIF3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.01 Å

70544

9ojm

EMDB-70544, PDB-9ojm:
Human mitochondrial 28S PIC with tRNA and mtIF2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry

ChemComp-K:
Unknown entry

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードRIBOSOME / Mitochondrial Ribosome 28S pre-initiation complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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