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タイトルThe single-particle cryo-EM structures of a bacterial cyanide dihydratase and a fungal cyanide hydratase.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 34, Issue 4, Page 599-610.e2, Year 2026
掲載日2026年4月2日
著者Santiago Justo Arevalo / Valeria Valle-Riestra Felice / Mikaela Barahona Acuña / Katia Ordinola Flores / Mauro Quiñones Aguilar / Andrea Balan / Chuck Shaker Farah /
PubMed 要旨Cyanide is widely used in industries due to its affinity for metals, a property that also underlies its toxicity. Industries, therefore, must reduce cyanide concentration before the final disposal of ...Cyanide is widely used in industries due to its affinity for metals, a property that also underlies its toxicity. Industries, therefore, must reduce cyanide concentration before the final disposal of wastewater. Physical, chemical, and biological methods have been developed for this; however, knowledge about the structure of enzymes involved in cyanide degradation remains limited. Structural characterization of these proteins could facilitate the development of enzymes with enhanced bioremediation potential. Here, we present the single-particle cryo-electron microscopy structures of a cyanide dihydratase from Bacillus safensis and a cyanide hydratase from Gloeocercospora sorghi at 2.2 Å and 2.0 Å resolution, respectively. We provide a comprehensive description and comparative analysis alongside all previously determined nitrilase structures. Importantly, our full-length structures reveal new features in the C-terminal as well as specific intermolecular interactions between protomer interfaces and within the helix lumen. Finally, our findings offer insights into the reaction mechanisms of these two enzymes.
リンクStructure / PubMed:41709456
手法EM (単粒子)
解像度2.04 Å
構造データ

70376

9odt

EMDB-70376, PDB-9odt:
The structure of a Bacterial Cyanide Dihydratase from Bacillus safensis PER-URP-08
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.04 Å

70421

9ofa

EMDB-70421, PDB-9ofa:
The structure of a Fungal Cyanide Hydratase from Gloeocercospora sorghi
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.04 Å

由来
  • bacillus safensis (バクテリア)
  • microdochium sorghi (菌類)
キーワードHYDROLASE / CynD / nitrilase / biorremediation / oligomer / CynH

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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