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タイトルNon-equilibrium snapshots of ligand efficacy at the μ-opioid receptor.
ジャーナル・号・ページNature, Year 2025
掲載日2025年12月22日
著者Michael J Robertson / Arnab Modak / Makaía M Papasergi-Scott / Miaohui Hu / Maria Claudia Peroto / Balazs R Varga / Susruta Majumdar / Ravi Kalathur / Scott C Blanchard / Georgios Skiniotis /
PubMed 要旨Distinct ligands for the same G-protein-coupled receptor (GPCR) activate intracellular signalling partners to varying extents, but the molecular mechanisms that drive these differences remain elusive. ...Distinct ligands for the same G-protein-coupled receptor (GPCR) activate intracellular signalling partners to varying extents, but the molecular mechanisms that drive these differences remain elusive. Here, hypothesizing that such differences in signalling efficacy might be captured structurally in intermediate states under non-equilibrium conditions, we use a time-resolved cryo-electron-microscopy approach to visualize the GTP-induced activation of the Gαβγ heterotrimer by the μ-opioid receptor bound to three ligands that show partial, full or super agonism on the receptor. We resolve ensembles of conformational states along the G-protein activation pathway, including an intermediate state that enables us to visualize receptor dynamics as a function of bound ligand. The results reveal ligand-dependent differences in state occupancy and conformational stability, with higher ligand efficacy correlating with increased dynamics of the receptor's transmembrane helices 5 and 6. Furthermore, we identify key differences between G and G in the mechanism of GTP-induced activation, which are likely to underlie the distinct activation kinetics of these G-protein types. Corroborated by molecular-dynamics simulations and single-molecule fluorescence assays, our findings provide a dynamic structural landscape of GPCR-G-protein interactions for ligands of various efficacies, and suggest that partial agonists produce a 'kinetic trap' during G-protein activation.
リンクNature / PubMed:41430437
手法EM (単粒子)
解像度2.4 - 6.5 Å
構造データ

EMDB-70356, PDB-9ode:
Structure of the MOR/Gi/Lofentanil Complex, Nucleotide Free
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

EMDB-70357, PDB-9odf:
Structure of the MOR/Gi/Lofentanil Complex, GTP-bound G-Primed
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

EMDB-70358, PDB-9odg:
Structure of the MOR/Gi/Lofentanil Complex, GTP-bound G-ACT-1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-70359, PDB-9odh:
Structure of the MOR/Gi/Lofentanil Complex, GTP-bound G-ACT-2, G Protein Local
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-70360, PDB-9odi:
Structure of the MOR/Gi/Lofentanil Complex, GTP-bound G-ACT-2', G Protein Local
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-70361: Structure of the MOR/Gi/Lofentanil Complex, GTP-bound G-ACT-2/3, Global and G Protein Local
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-70362: Structure of the MOR/Gi/Lofentanil Complex, GTP-bound G-ACT-2/3, Global 3DVA Sorted 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-70363: Structure of the MOR/Gi/Lofentanil Complex, GTP-bound G-ACT-2/3, Global 3DVA Sorted 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-70364, PDB-9odj:
Structure of the MOR/Gi/Mitragynine Pseudoindoxil Complex, GTP-bound G-Primed, AHD 3DVA Sorted
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-70365, PDB-9odk:
Structure of the MOR/Gi/Mitragynine Pseudoindoxil Complex, GTP-bound G-ACT-2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-70366, PDB-9odl:
Structure of the MOR/Gi/Mitragynine Pseudoindoxil Complex, GTP-bound G-ACT-3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-70373: Structure of the MOR/Gi/DAMGO Complex, GTP-Bound, G-ACT-1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.5 Å

EMDB-70374: Structure of the MOR/Gi/DAMGO Complex, GTP-Bound, G-ACT-2/3 Consensus Refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

化合物

ChemComp-EID:
Lofentanil

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL

ChemComp-EIG:
Mitragynine pseudoindoxyl

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / Complex / Agonist

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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