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タイトルGermline-targeting HIV immunogen induces cross-neutralizing antibodies in outbred macaques.
ジャーナル・号・ページImmunity, Vol. 59, Issue 4, Page 1140-1160.e11, Year 2026
掲載日2026年4月14日
著者Nitesh Mishra / Bo Liang / Ryan S Roark / Amrit Raj Ghosh / Sean Callaghan / Wen-Hsin Lee / Xuduo Li / Anh L Vo / Gabriel Avillion / Rohan Roy Chowdhury / Rumi Habib / Frederic Bibollet-Ruche / Gabriella Giese / Prabhgun Oberoi / Khaled Amereh / Anjali Somanathan / Yuxin Zhu / Yuexiu Zhang / Muzaffer Kassab / Lifei Tjio / Sharaf Andrabi / Raphael A Reyes / Joel D Allen / Nicole E James / Kipchoge N Randall / Lara van der Maas / Elana Ben-Akiva / Kasia Kacmarek-Michaels / Samantha Plante / Christian L Martella / Ashwin N Skelly / Ajay Singh / Jonathan Hurtado / Katharina Dueker / Tazio Capozzola / Rebecca Nedellec / Gabriel Ozorowski / Mark G Lewis / Samantha Falcone / Andrea Carfi / Sunny Himansu / Lawrence Shapiro / Max Crispin / Beatrice H Hahn / Bryan Briney / Darrell J Irvine / Dennis R Burton / Andrew B Ward / Facundo D Batista / Peter D Kwong / George M Shaw / Raiees Andrabi /
PubMed 要旨Germline targeting (GT) is a promising strategy to activate rare broadly neutralizing antibody (bnAb)-producing B cells against HIV, but induction of such responses in outbred animals has not been ...Germline targeting (GT) is a promising strategy to activate rare broadly neutralizing antibody (bnAb)-producing B cells against HIV, but induction of such responses in outbred animals has not been achieved. Using antibody-guided structure-based design, we engineered a GT HIV trimer immunogen, Q23-APEX-GT2, which primes diverse V2-apex bnAb precursors. Q23-APEX-GT2 efficiently activated rare V2-apex-specific B cells in humanized knockin mice and consistently elicited immunofocused antibody responses in outbred rhesus macaques, priming multiple long heavy-chain complementarity-determining region 3 (CDRH3)-loop bnAb-B cell lineages. Monoclonal antibodies isolated from immunized macaques showed broad heterologous HIV trimer recognition and modest cross-neutralization of diverse tier-2 viruses. Cryoelectron microscopy (cryo-EM) structural studies confirmed precise epitope targeting and revealed CDRH3-mediated binding modes that mirrored those of human V2-apex bnAbs. Together, these findings establish proof of principle for priming and early maturation of authentic V2-apex bnAb precursors in outbred macaques and highlight the promise of V2-apex-targeted HIV vaccines.
リンクImmunity / PubMed:41985438
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 25.0 Å
構造データ

EMDB-49511: CH35 V1V2V3 and gp41-base macaque polyclonal Fabs in complex with Q23-APEX-GT2 trimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-49512: CH35 gp41-FP macaque polyclonal Fab in complex with Q23-APEX-GT2 trimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-49513: CH70 gp41-GH macaque polyclonal Fab in complex with Q23-APEX-GT2 trimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

49865

9nvv

EMDB-49865, PDB-9nvv:
Cryo-EM structure of V2 apex germline-targeting HIV Env trimer Q23-APEX-GT2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

49866

9nvw

EMDB-49866, PDB-9nvw:
Cryo-EM structure of rhesus antibody CH35-Apex1.08 in complex with HIV Env trimer Q23-APEX-GT2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

49867

9nvx

EMDB-49867, PDB-9nvx:
Cryo-EM structure of rhesus antibody CI91-Apex1.01 in complex with HIV Env trimer Q23-APEX-GT2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

49868

9nvy

EMDB-49868, PDB-9nvy:
Cryo-EM structure of rhesus antibody CH70-Apex2.01 in complex with HIV Env trimer Q23-APEX-GT2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

49869

9nvz

EMDB-49869, PDB-9nvz:
Cryo-EM structure of rhesus antibody CH70-Apex1.01 in complex with HIV Env trimer Q23-APEX-GT2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

49870

9nw0

EMDB-49870, PDB-9nw0:
Cryo-EM structure of rhesus antibody CH42-Apex1.01 in complex with HIV Env trimer Q23-APEX-GT2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

49871

9nw1

EMDB-49871, PDB-9nw1:
Cryo-EM structure of rhesus antibody CH42-Apex2.01 in complex with HIV Env trimer Q23-APEX-GT2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

ChemComp-MAN:
alpha-D-mannopyranose

由来
  • macaca mulatta (アカゲザル)
  • human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
  • human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HIV / VIRAL PROTEIN / GERMLINE-TARGETING / IMMUNOGEN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / immune complex / neutralization / V2 apex / VIRAL PROTEIN/IMMUE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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