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タイトルStructure of a lasso peptide bound ET receptor provides insights into the mechanism of GPCR inverse agonism.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 3446, Year 2025
掲載日2025年4月22日
著者Wataru Shihoya / Hiroaki Akasaka / Peter A Jordan / Anna Lechner / Bethany K Okada / Gabriella Costa Machado da Cruz / Fumiya K Sano / Tatsuki Tanaka / Ryo Kawahara / Rajan Chaudhari / Hiroko Masamune / Mark J Burk / Osamu Nureki /
PubMed 要旨Lasso peptides exhibit a unique lariat-like knotted structure imparting exceptional stability and thus show promise as therapeutic agents that target cell-surface receptors. One such receptor is the ...Lasso peptides exhibit a unique lariat-like knotted structure imparting exceptional stability and thus show promise as therapeutic agents that target cell-surface receptors. One such receptor is the human endothelin type B receptor (ET), which is implicated in challenging cancers with poor immunotherapy responsiveness. The Streptomyces-derived lasso peptide, RES-701-3, is a selective inhibitor for ET and a compelling candidate for therapeutic development. However, meager production from a genetically recalcitrant host has limited further structure-activity relationship studies of this potent inhibitor. Here, we report cryo-electron microscopy structures of ET receptor in both its apo form and complex with RES-701-3, facilitated by a calcineurin-fusion strategy. Hydrophobic interactions between RES-701-3 and the transmembrane region of the receptor, especially involving two tryptophan residues, play a crucial role in RES-701-3 binding. Furthermore, RES-701-3 prevents conformational changes associated with G-protein coupling, explaining its inverse agonist activity. A comparative analysis with other lasso peptides and their target proteins highlights the potential of lasso peptides as precise drug candidates for G-protein-coupled receptors. This structural insight into RES-701-3 binding to ET receptor offers valuable information for the development of novel therapeutics targeting this receptor and provides a broader understanding of lasso peptide interactions with human cell-surface receptors.
リンクNat Commun / PubMed:40263271 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.3 - 3.5 Å
構造データ

EMDB-62272: Consensus map of Calcineurin-fusion Human endothelin receptor type-B in complex with RES-701-3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-62273: focused on refinement endothelin receptor type-B of Calcineurin-fusion Human endothelin receptor type-B in complex with RES-701-3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

62274

9kdf

EMDB-62274, PDB-9kdf:
CryoEM structure of Calcineurin-fusion Human endothelin receptor type-B in complex with RES-701-3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

62275

9kdg

EMDB-62275, PDB-9kdg:
CryoEM structure of Calcineurin-fusion Human endothelin receptor type-B in the ligand-free form
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.33 Å

化合物

ChemComp-CA:
Unknown entry

ChemComp-FE:
Unknown entry

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-FK5:
8-DEETHYL-8-[BUT-3-ENYL]-ASCOMYCIN / 薬剤*YM

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • streptomyces venezuelae (バクテリア)
  • Mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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