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Structure paper

タイトルCryo-EM structures of ρ1 GABA receptors with antagonist and agonist drugs.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 7077, Year 2025
掲載日2025年8月1日
著者Chen Fan / John Cowgill / Rebecca J Howard / Erik Lindahl /
PubMed 要旨The family of ρ-type GABA receptors includes potential therapeutic targets in several neurological conditions, and features distinctive pharmacology compared to other subtypes. Here we report four ...The family of ρ-type GABA receptors includes potential therapeutic targets in several neurological conditions, and features distinctive pharmacology compared to other subtypes. Here we report four cryo-EM structures with previously unresolved ligands, electrophysiology recordings, and molecular dynamics simulations to characterize binding and conformational impact of the drugs THIP (a non-opioid analgesic), CGP36742 (a phosphinic acid) and GABOB (an anticonvulsant) on a human ρ1 GABA receptor. A distinctive binding pose of THIP in ρ1 versus α4β3δ GABA receptors offers a rationale for its inverse effects on these subtypes. CGP36742 binding is similar to the canonical ρ-type inhibitor TPMPA, supporting a shared mechanism of action among phosphinic acids. Binding of GABOB is similar to GABA, but produces a mixture of partially-locked and desensitized states, likely underlying weaker agonist activity. Together, these results elucidate interactions of a ρ-type GABA receptor with therapeutic drugs, offering mechanistic insights and a basis for further pharmaceutical development.
リンクNat Commun / PubMed:40750757 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.05 - 2.41 Å
構造データ

50710

9frb

EMDB-50710, PDB-9frb:
CryoEM structure of human rho1 GABAA receptor in complex with CGP36742
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.05 Å

50712

9fre

EMDB-50712, PDB-9fre:
CryoEM structure of human rho1 GABAA receptor in complex with THIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.19 Å

50713

9frf

9frg

EMDB-50713, PDB-9frf:
CryoEM structure of human rho1 GABAA receptor in complex with (R)-GABOB in the desensitized state
PDB-9frg: CryoEM structure of human rho1 GABAA receptor in complex with (S)-GABOB in the desensitized state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.41 Å

50714

9frh

9fri

EMDB-50714, PDB-9frh:
CryoEM structure of human rho1 GABAA receptor in complex with (R)-GABOB in the primed state
PDB-9fri: CryoEM structure of human rho1 GABAA receptor in complex with (S)-GABOB in the primed state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.14 Å

化合物

PDB-1ifa:
THREE-DIMENSIONAL CRYSTAL STRUCTURE OF RECOMBINANT MURINE INTERFERON-BETA

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

ChemComp-HEX:
HEXANE

ChemComp-OCT:
N-OCTANE

ChemComp-D12:
DODECANE

ChemComp-D10:
DECANE

ChemComp-CL:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-EI7:
4,5,6,7-tetrahydro-[1,2]oxazolo[5,4-c]pyridin-3-one / アゴニスト*YM

PDB-1iff:
Unknown entry

PDB-1ifh:
A DETAILED ANALYSIS OF THE FREE AND BOUND CONFORMATION OF AN ANTIBODY: X-RAY STRUCTURES OF ANTI-PEPTIDE FAB 17(SLASH)9 AND THREE DIFFERENT FAB-PEPTIDE COMPLEXES

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSLOCASE / Ion channel

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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