[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルMolecular basis of ligand binding and receptor activation at the human A adenosine receptor.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 7674, Year 2025
掲載日2025年8月18日
著者Liudi Zhang / Jesse I Mobbs / Felix M Bennetts / Hariprasad Venugopal / Anh T N Nguyen / Arthur Christopoulos / Daan van der Es / Laura H Heitman / Lauren T May / Alisa Glukhova / David M Thal /
PubMed 要旨Adenosine receptors (ARs: AAR, AAR, AAR, and AAR) are crucial therapeutic targets; however, developing selective, efficacious drugs for them remains a significant challenge. Here, we present high- ...Adenosine receptors (ARs: AAR, AAR, AAR, and AAR) are crucial therapeutic targets; however, developing selective, efficacious drugs for them remains a significant challenge. Here, we present high-resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the human AAR in three distinct functional states: bound to the endogenous agonist adenosine, the clinically relevant agonist Piclidenoson, and the covalent antagonist LUF7602. These structures, complemented by mutagenesis and pharmacological studies, reveal an AAR activation mechanism that involves an extensive hydrogen bond network from the extracellular surface down to the orthosteric binding site. In addition, we identify a cryptic pocket that accommodates the N-iodobenzyl group of Piclidenoson through a ligand-dependent conformational change of M174. Our comprehensive structural and functional characterisation of AAR advances our understanding of adenosine receptor pharmacology and establishes a foundation for developing more selective therapeutics for various disorders, including inflammatory diseases, cancer, and glaucoma.
リンクNat Commun / PubMed:40825947 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.6 - 3.6 Å
構造データ

47879

9ebh

EMDB-47879, PDB-9ebh:
Human adenosine A3 receptor Gi1 complex bound to adenosine
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

47880

9ebi

EMDB-47880, PDB-9ebi:
Human adenosine A3 receptor Gi complex (mini-Gsi chimera) bound to Piclidenoson (CF101, IB-MECA)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-47994: Focused refinement map of the human A3 adenosine receptor bound to adenosine (receptor only)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.44 Å

EMDB-47998: Focused refinement map of the human A3 adenosine receptor bound to Piclidenoson (receptor only)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-48063: Consensus map for A3AR-LUF7602 complex.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

EMDB-48064: Focused refinement map of the structure of a human adenosine A3 receptor complex bound to the covalent antagonist LUF7602 (receptor only)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

48065

9ehs

EMDB-48065, PDB-9ehs:
Structure of a human adenosine A3 receptor complex bound to the covalent antagonist LUF7602
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

化合物

ChemComp-ADN:
ADENOSINE / アデノシン

ChemComp-Q8L:
Piclidenoson / IB-MECA

PDB-1bii:
THE CRYSTAL STRUCTURE OF H-2DD MHC CLASS I IN COMPLEX WITH THE HIV-1 DERIVED PEPTIDE P18-110

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • lama glama (ラマ)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / G protein-coupled receptor / adenosine binding / seven transmembrane protein / SIGNALING PROTEIN

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る