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タイトルThe 2.6 Å Structure of a Tulane Virus Variant with Minor Mutations Leading to Receptor Change.
ジャーナル・号・ページBiomolecules, Vol. 14, Issue 1, Year 2024
掲載日2024年1月16日
著者Chen Sun / Pengwei Huang / Xueyong Xu / Frank S Vago / Kunpeng Li / Thomas Klose / Xi Jason Jiang / Wen Jiang /
PubMed 要旨Human noroviruses (HuNoVs) are a major cause of acute gastroenteritis, contributing significantly to annual foodborne illness cases. However, studying these viruses has been challenging due to ...Human noroviruses (HuNoVs) are a major cause of acute gastroenteritis, contributing significantly to annual foodborne illness cases. However, studying these viruses has been challenging due to limitations in tissue culture techniques for over four decades. Tulane virus (TV) has emerged as a crucial surrogate for HuNoVs due to its close resemblance in amino acid composition and the availability of a robust cell culture system. Initially isolated from rhesus macaques in 2008, TV represents a novel belonging to the genus. Its significance lies in sharing the same host cell receptor, histo-blood group antigen (HBGA), as HuNoVs. In this study, we introduce, through cryo-electron microscopy (cryo-EM), the structure of a specific TV variant (the 9-6-17 TV) that has notably lost its ability to bind to its receptor, B-type HBGA-a finding confirmed using an enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). These results offer a profound insight into the genetic modifications occurring in TV that are necessary for adaptation to cell culture environments. This research significantly contributes to advancing our understanding of the genetic changes that are pivotal to successful adaptation, shedding light on fundamental aspects of evolution.
リンクBiomolecules / PubMed:38254719 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.08 - 3.2 Å
構造データ

43222

8vgr

EMDB-43222, PDB-8vgr:
Cryo-EM structure of Tulane virus 9-6-17 variant capsid protein VP1 5-12-18
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

43292

8vjr

EMDB-43292, PDB-8vjr:
Cryo-EM structure of Tulane virus 9-6-17 variant capsid protein VP1 9-14-18, DTT-treated
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.63 Å

43293

8vjs

EMDB-43293, PDB-8vjs:
Cryo-EM structure of Tulane virus 9-6-17 variant capsid protein VP1 9-14-18 without DTT treatment
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.73 Å

45962

9cve

EMDB-45962, PDB-9cve:
Cryo-EM structure of Tulane virus 9-6-17 variant capsid protein VP1 5-12-18
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.18 Å

45963

9cvf

EMDB-45963, PDB-9cvf:
Cryo-EM structure of Tulane virus 9-6-17 variant capsid protein VP1 9-14-18
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

45964

9cvg

EMDB-45964, PDB-9cvg:
Cryo-EM structure of Tulane virus 9-6-17 variant capsid protein VP1 9-14-18, DTT-treated
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.08 Å

由来
  • tulane virus (ウイルス)
キーワードVIRUS / virion capsid / capsid protein / Tulane virus

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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