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Structure paper

タイトルStructure-function analyses of human TRPV6 ancestral and derived haplotypes.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 33, Issue 1, Page 91-103.e5, Year 2025
掲載日2025年1月2日
著者Arthur Neuberger / Alexey Shalygin / Yury A Trofimov / Irina I Veretenenko / Kirill D Nadezhdin / Nikolay A Krylov / Thomas Gudermann / Roman G Efremov / Vladimir Chubanov / Alexander I Sobolevsky /
PubMed 要旨TRPV6 is a Ca selective channel that mediates calcium uptake in the gut and contributes to the development and progression of human cancers. TRPV6 is represented by the ancestral and derived ...TRPV6 is a Ca selective channel that mediates calcium uptake in the gut and contributes to the development and progression of human cancers. TRPV6 is represented by the ancestral and derived haplotypes that differ by three non-synonymous polymorphisms, located in the N-terminal ankyrin repeat domain (C157R), S1-S2 extracellular loop (M378V), and C-terminus (M681T). The ancestral and derived haplotypes were proposed to serve as genomic factors causing a different outcome for cancer patients of African ancestry. We solved cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of ancestral and derived TRPV6 in the open and calmodulin (CaM)-bound inactivated states. Neither state shows substantial structural differences caused by the non-synonymous polymorphisms. Functional properties assessed by electrophysiological recordings and Ca uptake measurements, and water and ion permeation evaluated by molecular modeling also appear similar between the haplotypes. Therefore, ancestral and derived TRPV6 have similar structure and function, implying that other factors are responsible for the differences in susceptibility to cancer.
リンクStructure / PubMed:39500315 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.78 - 3.42 Å
構造データ

45933

9cuh

EMDB-45933, PDB-9cuh:
Structure of human full-length ancestral TRPV6 channel in apo open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.03 Å

45934

9cui

EMDB-45934, PDB-9cui:
Structure of human full-length ancestral TRPV6 channel in Calmodulin-bound state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.42 Å

45935

9cuj

EMDB-45935, PDB-9cuj:
Structure of human full-length derived TRPV6 channel in apo open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.78 Å

45936

9cuk

EMDB-45936, PDB-9cuk:
Structure of human full-length derived TRPV6 channel in Calmodulin-bound state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.26 Å

化合物

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

ChemComp-PCW:
1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / DOPC, リン脂質*YM

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

ChemComp-CA:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / transient receptor potential V family member 6 / TRP / channel / TRPV6 / TRP channels / ancestral / calmodulin / derived

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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