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Structure paper

タイトルStructure of the human K13.1 channel reveals a hydrophilic pore restriction and lipid cofactor site.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 32, Issue 7, Page 1154-1166, Year 2025
掲載日2025年2月26日
著者Shatabdi Roy-Chowdhury / Seil Jang / Fayal Abderemane-Ali / Fiona Naughton / Michael Grabe / Daniel L Minor /
PubMed 要旨Polyunsaturated fatty acid (PUFA) lipids modulate the neuronal and microglial leak potassium channel K13.1 (THIK1) and other voltage-gated ion channel (VGIC) superfamily members through poorly ...Polyunsaturated fatty acid (PUFA) lipids modulate the neuronal and microglial leak potassium channel K13.1 (THIK1) and other voltage-gated ion channel (VGIC) superfamily members through poorly understood mechanisms. Here we present cryo-electron microscopy structures of human THIK1 and mutants, revealing a unique two-chamber aqueous inner cavity obstructed by a hydrophilic barrier important for gating, the flow restrictor, and a P1-M4 intersubunit interface lipid at a site, the PUFA site, corresponding to the K small-molecule modulator pocket. This overlap, together with functional studies, indicates that PUFA site lipids are THIK1 cofactors. Comparison with a PUFA-responsive VGIC, K7.1, reveals a shared modulatory role for the pore domain intersubunit interface, providing a framework for understanding PUFA action on the VGIC superfamily. Our findings reveal the distinct THIK1 architecture, highlight the importance of the P1-M4 interface for K control by natural and synthetic ligands and should aid in the development of THIK subfamily modulators for neuroinflammation and autism.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:40011746 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.36 - 2.95 Å
構造データ

44870

9bsn

EMDB-44870, PDB-9bsn:
Structure of human K2P13.1 (THIK-1) in lipid nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

44978

9bws

EMDB-44978, PDB-9bws:
Structure of human k2P13.1 (THIK-1) S136P Y273A in lipid nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.39 Å

45034

9byi

EMDB-45034, PDB-9byi:
Structure of human K2P13.1 (THIK1) in detergent
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.95 Å

45075

9c07

EMDB-45075, PDB-9c07:
Structure of K2P13.1 (THIK1) S136P in detergent
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.73 Å

45077

9c09

EMDB-45077, PDB-9c09:
Structure of K2P13.1 (THIK1) S136P in lipid nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.36 Å

化合物

ChemComp-D12:
DODECANE

ChemComp-D10:
DECANE

ChemComp-OCT:
N-OCTANE

ChemComp-EIC:
LINOLEIC ACID

ChemComp-K:
Unknown entry

ChemComp-HEX:
HEXANE

ChemComp-R16:
HEXADECANE

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Potassium channel / K2P / ion channel / k2p channel / membrane protein

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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