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タイトルStructural and dynamic features of cagrilintide binding to calcitonin and amylin receptors.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 3389, Year 2025
掲載日2025年4月10日
著者Jianjun Cao / Matthew J Belousoff / Rachel M Johnson / Peter Keov / Zamara Mariam / Giuseppe Deganutti / George Christopoulos / Caroline A Hick / Steffen Reedtz-Runge / Tine Glendorf / Borja Ballarín-González / Kirsten Raun / Charles Bayly-Jones / Denise Wootten / Patrick M Sexton /
PubMed 要旨Obesity is a major and increasingly prevalent chronic metabolic disease with numerous comorbidities. While recent incretin-based therapies have provided pharmaceutical inroads into treatment of ...Obesity is a major and increasingly prevalent chronic metabolic disease with numerous comorbidities. While recent incretin-based therapies have provided pharmaceutical inroads into treatment of obesity, there remains an ongoing need for additional medicines with distinct modes of action as independent or complementary therapeutics. Among the most promising candidates, supported by phase 1 and 2 clinical trials, is cagrilintide, a long-acting amylin and calcitonin receptor agonist. As such, understanding how cagrilintide functionally engages target receptors is critical for future development of this target class. Here, we determine structures of cagrilintide bound to Gs-coupled, active, amylin receptors (AMYR, AMYR, AMYR) and calcitonin receptor (CTR) and compare cagrilintide interactions and the dynamics of receptor complexes with previously reported structures of receptors bound to rat amylin, salmon calcitonin or recently developed amylin-based peptides. These data reveal that cagrilintide has an amylin-like binding mode but, compared to other peptides, induces distinct conformational dynamics at calcitonin-family receptors that could contribute to its clinical efficacy.
リンクNat Commun / PubMed:40204768 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.2 - 3.6 Å
構造データ

EMDB-44652, PDB-9blb:
Human Calcitonin Receptor in Complex with Gs and Cagrilintide Backbone (non-acylated) in bypass conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-44653, PDB-9blc:
Human Calcitonin Receptor in Complex with Gs and Cagrilintide Backbone (non-acylated) in CT-like conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-44678, PDB-9blw:
Human amylin1 Receptor in complex with Gs and Cagrilintide backbone (non-acylated)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-44760, PDB-9bp3:
Human Amylin1 Receptor in complex with Gs and cagrilintide
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.2 Å

EMDB-44796, PDB-9bq3:
Human Amylin2 Receptor in Complex with Gs and Cagrilintide
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-44898, PDB-9btw:
Human Amylin3 Receptor in complex with Gs and cagrilintide
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-44904, PDB-9bub:
Human calcitonin Receptor in complex with Gs and cagrilintide in the bypass conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.3 Å

EMDB-44905, PDB-9buc:
Human calcitonin Receptor in complex with Gs and cagrilintide in the bypass conformation (repeat)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-44906, PDB-9bud:
Human calcitonin Receptor in complex with Gs and cagrilintide in the CT-like conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

EMDB-44907, PDB-9bue:
Human calcitonin Receptor in complex with Gs and cagrilintide in the CT-like conformation (repeat)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

PDB-1b90:
BACILLUS CEREUS BETA-AMYLASE APO FORM

ChemComp-P42:
(2S)-2-{[(1R)-1-hydroxyhexadecyl]oxy}-3-{[(1R)-1-hydroxyoctadecyl]oxy}propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / SPPC, リン脂質*YM

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • lama glama (ラマ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Amylin receptor / GPCR / RAMPs / Calcitonin receptor / Cagrilintide / obesity / receptor activity-modifying protein / RAMP2

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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