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Structure paper

タイトルThe structural landscape of Microprocessor-mediated processing of pri-let-7 miRNAs.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 84, Issue 21, Page 4175-44190.e6, Year 2024
掲載日2024年11月7日
著者Ankur Garg / Renfu Shang / Todor Cvetanovic / Eric C Lai / Leemor Joshua-Tor /
PubMed 要旨MicroRNA (miRNA) biogenesis is initiated upon cleavage of a primary miRNA (pri-miRNA) hairpin by the Microprocessor (MP), composed of the Drosha RNase III enzyme and its partner DGCR8. Multiple pri- ...MicroRNA (miRNA) biogenesis is initiated upon cleavage of a primary miRNA (pri-miRNA) hairpin by the Microprocessor (MP), composed of the Drosha RNase III enzyme and its partner DGCR8. Multiple pri-miRNA sequence motifs affect MP recognition, fidelity, and efficiency. Here, we performed cryoelectron microscopy (cryo-EM) and biochemical studies of several let-7 family pri-miRNAs in complex with human MP. We show that MP has the structural plasticity to accommodate a range of pri-miRNAs. These structures revealed key features of the 5' UG sequence motif, more comprehensively represented as the "flipped U with paired N" (fUN) motif. Our analysis explains how cleavage of class-II pri-let-7 members harboring a bulged nucleotide generates a non-canonical precursor with a 1-nt 3' overhang. Finally, the MP-SRSF3-pri-let-7f1 structure reveals how SRSF3 contributes to MP fidelity by interacting with the CNNC motif and Drosha's Piwi/Argonaute/Zwille (PAZ)-like domain. Overall, this study sheds light on the mechanisms for flexible recognition, accurate cleavage, and regulated processing of different pri-miRNAs by MP.
リンクMol Cell / PubMed:39368465 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.8 - 3.2 Å
構造データ

43819

9asm

EMDB-43819, PDB-9asm:
Human Drosha and DGCR8 in complex with Pri-let-7f1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

43820

9asn

EMDB-43820, PDB-9asn:
Human Drosha and DGCR8 in complex with Pri-miR-98
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

43821

9aso

EMDB-43821, PDB-9aso:
Human Drosha and DGCR8 in complex with Pri-let-7a2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

43822

9asp

EMDB-43822, PDB-9asp:
Human Drosha and DGCR8 in complex with Pri-let-7a1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

43823

9asq

EMDB-43823, PDB-9asq:
Human Drosha, DGCR8 and SRSF3 in complex with Pri-let-7f1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / RNAi / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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