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- EMDB-43819: Human Drosha and DGCR8 in complex with Pri-let-7f1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43819
タイトルHuman Drosha and DGCR8 in complex with Pri-let-7f1
マップデータ
試料
  • 複合体: RNAi_protein_f1
    • 複合体: DR/DG
      • タンパク質・ペプチド: Isoform 4 of Drosha
      • タンパク質・ペプチド: Microprocessor complex subunit DGCR8
    • 複合体: RNA_f1
      • RNA: Pri-let-7f1
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: water
キーワードRNAi / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of pre-miRNA processing / microprocessor complex / regulation of miRNA metabolic process / protein-RNA adaptor activity / DEAD/H-box RNA helicase binding / regulation of regulatory T cell differentiation / primary miRNA binding / Transcriptional Regulation by MECP2 / ribonuclease III / miRNA metabolic process ...positive regulation of pre-miRNA processing / microprocessor complex / regulation of miRNA metabolic process / protein-RNA adaptor activity / DEAD/H-box RNA helicase binding / regulation of regulatory T cell differentiation / primary miRNA binding / Transcriptional Regulation by MECP2 / ribonuclease III / miRNA metabolic process / primary miRNA processing / regulation of stem cell proliferation / ribonuclease III activity / pre-miRNA processing / MicroRNA (miRNA) biogenesis / SMAD binding / R-SMAD binding / lipopolysaccharide binding / rRNA processing / double-stranded RNA binding / site of double-strand break / regulation of inflammatory response / protein-macromolecule adaptor activity / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / postsynaptic density / nuclear body / heme binding / DNA damage response / positive regulation of gene expression / nucleolus / glutamatergic synapse / protein homodimerization activity / RNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNase III, double-stranded RNA binding domain, animal / Microprocessor complex subunit DGCR8 / Ribonuclease-III-like / Ribonuclease III / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / Double-stranded RNA binding motif ...RNase III, double-stranded RNA binding domain, animal / Microprocessor complex subunit DGCR8 / Ribonuclease-III-like / Ribonuclease III / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Microprocessor complex subunit DGCR8 / Ribonuclease 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Garg A / Joshua-Tor L
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 GM114147 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024
タイトル: The structural landscape of Microprocessor-mediated processing of pri-let-7 miRNAs.
著者: Ankur Garg / Renfu Shang / Todor Cvetanovic / Eric C Lai / Leemor Joshua-Tor /
要旨: MicroRNA (miRNA) biogenesis is initiated upon cleavage of a primary miRNA (pri-miRNA) hairpin by the Microprocessor (MP), composed of the Drosha RNase III enzyme and its partner DGCR8. Multiple pri- ...MicroRNA (miRNA) biogenesis is initiated upon cleavage of a primary miRNA (pri-miRNA) hairpin by the Microprocessor (MP), composed of the Drosha RNase III enzyme and its partner DGCR8. Multiple pri-miRNA sequence motifs affect MP recognition, fidelity, and efficiency. Here, we performed cryoelectron microscopy (cryo-EM) and biochemical studies of several let-7 family pri-miRNAs in complex with human MP. We show that MP has the structural plasticity to accommodate a range of pri-miRNAs. These structures revealed key features of the 5' UG sequence motif, more comprehensively represented as the "flipped U with paired N" (fUN) motif. Our analysis explains how cleavage of class-II pri-let-7 members harboring a bulged nucleotide generates a non-canonical precursor with a 1-nt 3' overhang. Finally, the MP-SRSF3-pri-let-7f1 structure reveals how SRSF3 contributes to MP fidelity by interacting with the CNNC motif and Drosha's Piwi/Argonaute/Zwille (PAZ)-like domain. Overall, this study sheds light on the mechanisms for flexible recognition, accurate cleavage, and regulated processing of different pri-miRNAs by MP.
履歴
登録2024年2月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月4日-
マップ公開2024年9月4日-
更新2024年12月11日-
現状2024年12月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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添付画像

emd_43819.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43819.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 440 pix.
= 376.64 Å		0.86 Å/pix.
x 440 pix.
= 376.64 Å		0.86 Å/pix.
x 440 pix.
= 376.64 Å

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投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.856 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.088
最小 - 最大-0.15415455 - 0.6070603
平均 (標準偏差)-0.000010965351 (±0.011264494)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 376.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_43819_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43819_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43819_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RNAi_protein_f1

全体名称: RNAi_protein_f1
要素
  • 複合体: RNAi_protein_f1
    • 複合体: DR/DG
      • タンパク質・ペプチド: Isoform 4 of Drosha
      • タンパク質・ペプチド: Microprocessor complex subunit DGCR8
    • 複合体: RNA_f1
      • RNA: Pri-let-7f1
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: RNAi_protein_f1

超分子名称: RNAi_protein_f1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
分子量理論値: 300 KDa

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超分子 #2: DR/DG

超分子名称: DR/DG / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: RNA_f1

超分子名称: RNA_f1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Isoform 4 of Drosha

分子名称: Isoform 4 of Drosha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribonuclease III
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 155.574297 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MMQGNTCHRM SFHPGRGCPR GRGGHGARPS APSFRPQNLR LLHPQQPPVQ YQYEPPSAPS TTFSNSPAPN FLPPRPDFVP FPPPMPPSA QGPLPPCPIR PPFPNHQMRH PFPVPPCFPP MPPPMPCPNN PPVPGAPPGQ GTFPFMMPPP SMPHPPPPPV M PQQVNYQY ...文字列:
MMQGNTCHRM SFHPGRGCPR GRGGHGARPS APSFRPQNLR LLHPQQPPVQ YQYEPPSAPS TTFSNSPAPN FLPPRPDFVP FPPPMPPSA QGPLPPCPIR PPFPNHQMRH PFPVPPCFPP MPPPMPCPNN PPVPGAPPGQ GTFPFMMPPP SMPHPPPPPV M PQQVNYQY PPGYSHHNFP PPSFNSFQNN PSSFLPSANN SSSPHFRHLP PYPLPKAPSE RRSPERLKHY DDHRHRDHSH GR GERHRSL DRRERGRSPD RRRQDSRYRS DYDRGRTPSR HRSYERSRER ERERHRHRDN RRSPSLERSY KKEYKRSGSR SPS REKKRA RWEEEKDRWS DNQSSGKDKN YTSIKEKEPE ETMPDKNEEE EEELLKPVWI RCTHSENYYS SDPMDQVGDS TVVG TSRLR DLYDKFEEEL GSRQEKAKAA RPPWEPPKTK LDEDLESSSE SECESDEDST CSSSSDSEVF DVIAEIKRKK AHPDR LHDE LWYNDPGQMN DGPLCKCSAK ARRTGIRHSI YPGEEAIKPC RPMTNNAGRL FHYRITVSPP TNFLTDRPTV IEYDDH EYI FEGFSMFAHA PLTNIPLCKV IRFNIDYTIH FIEEMMPENF CVKGLELFSL FLFRDILELY DWNLKGPLFE DSPPCCP RF HFMPRFVRFL PDGGKEVLSM HQILLYLLRC SKALVPEEEI ANMLQWEELE WQKYAEECKG MIVTNPGTKP SSVRIDQL D REQFNPDVIT FPIIVHFGIR PAQLSYAGDP QYQKLWKSYV KLRHLLANSP KVKQTDKQKL AQREEALQKI RQKNTMRRE VTVELSSQGF WKTGIRSDVC QHAMMLPVLT HHIRYHQCLM HLDKLIGYTF QDRCLLQLAM THPSHHLNFG MNPDHARNSL SNCGIRQPK YGDRKVHHMH MRKKGINTLI NIMSRLGQDD PTPSRINHNE RLEFLGDAVV EFLTSVHLYY LFPSLEEGGL A TYRTAIVQ NQHLAMLAKK LELDRFMLYA HGPDLCRESD LRHAMANCFE ALIGAVYLEG SLEEAKQLFG RLLFNDPDLR EV WLNYPLH PLQLQEPNTD RQLIETSPVL QKLTEFEEAI GVIFTHVRLL ARAFTLRTVG FNHLTLGHNQ RMEFLGDSIM QLV ATEYLF IHFPDHHEGH LTLLRSSLVN NRTQAKVAEE LGMQEYAITN DKTKRPVALR TKTLADLLES FIAALYIDKD LEYV HTFMN VCFFPRLKEF ILNQDWNDPK SQLQQCCLTL RTEGKEPDIP LYKTLQTVGP SHARTYTVAV YFKGERIGCG KGPSI QQAE MGAAMDALEK YNFPQMAHQK RFIERKYRQE LKEMRWEREH QEREPDETED IKK

UniProtKB: Ribonuclease 3

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分子 #2: Microprocessor complex subunit DGCR8

分子名称: Microprocessor complex subunit DGCR8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 86.171203 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: METDESPSPL PCGPAGEAVM ESRARPFQAL PREQSPPPPL QTSSGAEVMD VGSGGDGQSE LPAEDPFNFY GASLLSKGSF SKGRLLIDP NCSGHSPRTA RHAPAVRKFS PDLKLLKDVK ISVSFTESCR SKDRKVLYTG AERDVRAECG LLLSPVSGDV H ACPFGGSV ...文字列:
METDESPSPL PCGPAGEAVM ESRARPFQAL PREQSPPPPL QTSSGAEVMD VGSGGDGQSE LPAEDPFNFY GASLLSKGSF SKGRLLIDP NCSGHSPRTA RHAPAVRKFS PDLKLLKDVK ISVSFTESCR SKDRKVLYTG AERDVRAECG LLLSPVSGDV H ACPFGGSV GDGVGIGGES ADKKDEENEL DQEKRVEYAV LDELEDFTDN LELDEEGAGG FTAKAIVQRD RVDEEALNFP YE DDFDNDV DALLEEGLCA PKKRRTEEKY GGDSDHPSDG ETSVQPMMTK IKTVLKSRGR PPTEPLPDGW IMTFHNSGVP VYL HRESRV VTWSRPYFLG TGSIRKHDPP LSSIPCLHYK KMKDNEEREQ SSDLTPSGDV SPVKPLSRSA ELEFPLDEPD SMGA DPGPP DEKDPLGAEA APGALGQVKA KVEVCKDESV DLEEFRSYLE KRFDFEQVTV KKFRTWAERR QFNREMKRKQ AESER PILP ANQKLITLSV QDAPTKKEFV INPNGKSEVC ILHEYMQRVL KVRPVYNFFE CENPSEPFGA SVTIDGVTYG SGTASS KKL AKNKAARATL EILIPDFVKQ TSEEKPKDSE ELEYFNHISI EDSRVYELTS KAGLLSPYQI LHECLKRNHG MGDTSIK FE VVPGKNQKSE YVMACGKHTV RGWCKNKRVG KQLASQKILQ LLHPHVKNWG SLLRMYGRES SKMVKQETSD KSVIELQQ Y AKKNKPNLHI LSKLQEEMKR LAEEREETRK KPKMSIVASA QPGGEPLCTV DV

UniProtKB: Microprocessor complex subunit DGCR8

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分子 #3: Pri-let-7f1

分子名称: Pri-let-7f1 / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 43.940816 KDa
配列文字列:
AUUCCAGAAG AAAACAUUGC UCUAUCAGAG UGAGGUAGUA GAUUGUAUAG UUGUGGGGUA GUGAUUUUAC CCUGUUCAGG AGAUAACUA UACAAUCUAU UGCCUUCCCU GAGGAGUAGA CUUGCUGCAU UAUUUUCU

GENBANK: GENBANK: AL158152.18

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分子 #4: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #5: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #6: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 77.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 378162
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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