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タイトルStructures of the mumps virus polymerase complex via cryo-electron microscopy.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 4189, Year 2024
掲載日2024年5月17日
著者Tianhao Li / Mingdong Liu / Zhanxi Gu / Xin Su / Yunhui Liu / Jinzhong Lin / Yu Zhang / Qing-Tao Shen /
PubMed 要旨The viral polymerase complex, comprising the large protein (L) and phosphoprotein (P), is crucial for both genome replication and transcription in non-segmented negative-strand RNA viruses (nsNSVs), ...The viral polymerase complex, comprising the large protein (L) and phosphoprotein (P), is crucial for both genome replication and transcription in non-segmented negative-strand RNA viruses (nsNSVs), while structures corresponding to these activities remain obscure. Here, we resolved two L-P complex conformations from the mumps virus (MuV), a typical member of nsNSVs, via cryogenic-electron microscopy. One conformation presents all five domains of L forming a continuous RNA tunnel to the methyltransferase domain (MTase), preferably as a transcription state. The other conformation has the appendage averaged out, which is inaccessible to MTase. In both conformations, parallel P tetramers are revealed around MuV L, which, together with structures of other nsNSVs, demonstrates the diverse origins of the L-binding X domain of P. Our study links varying structures of nsNSV polymerase complexes with genome replication and transcription and points to a sliding model for polymerase complexes to advance along the RNA templates.
リンクNat Commun / PubMed:38760379 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.93 - 3.63 Å
構造データ

EMDB-35864: Structure of the Mumps Virus L Protein Bound by Phosphoprotein Tetramer (composite map)
PDB-8izl: Structure of the Mumps Virus L Protein Bound by Phosphoprotein Tetramer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.93 Å

EMDB-37957: Cryo-EM map for Mumps Virus L Protein Bound by Phosphoprotein Tetramer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.02 Å

EMDB-37958: Cryo-EM map for Mumps Virus L Protein Bound by Phosphoprotein Tetramer (Focused map for CD-MTase-CTD)
PDB-8yxl: Structure of C-terminal domain of L protein from Mumps virus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.13 Å

EMDB-37959: Cryo-EM map for Mumps Virus L Protein Bound by Phosphoprotein Tetramer (Focused map for RdRp-PRNTase)
PDB-8yxm: Structure of N-terminal domain of L protein bound with Phosphoprotein from Mumps Virus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.93 Å

EMDB-37960: Cryo-EM map for Mumps Virus L Protein Bound by Phosphoprotein Tetramer (Focused map for tetrameric phosphoproteins)
PDB-8yxo: Structure of Phosphoprotein tetramer from mumps virus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.49 Å

EMDB-37961: Cryo-EM map for Mumps Virus L Protein (State 2) Bound by Phosphoprotein Tetramer
PDB-8yxp: Structure of mumps virus L protein (state2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.01 Å

EMDB-37962: Cryo-EM map for Mumps Virus L protein (state2) Bound by Phosphoprotein Tetramer (Focused for tetrameric phosphoprotein)
PDB-8yxr: Structure of Phosphoprotein Tetramer from mumps virus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.63 Å

EMDB-37964: Structure of the Mumps Virus L Protein (state2) Bound by Phosphoprotein Tetramer (composite map)
PDB-8x01: Structure of the Mumps Virus L Protein (state2) Bound by Phosphoprotein Tetramer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.01 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • mumps orthorubulavirus (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / Mumps virus polymerase complex / RNA-dependent RNA synthesis / Large protein / phosphoprotein.

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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