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タイトルDimerization and antidepressant recognition at noradrenaline transporter.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 630, Issue 8015, Page 247-254, Year 2024
掲載日2024年5月15日
著者Heng Zhang / Yu-Ling Yin / Antao Dai / Tianwei Zhang / Chao Zhang / Canrong Wu / Wen Hu / Xinheng He / Benxun Pan / Sanshan Jin / Qingning Yuan / Ming-Wei Wang / Dehua Yang / H Eric Xu / Yi Jiang /
PubMed 要旨The noradrenaline transporter has a pivotal role in regulating neurotransmitter balance and is crucial for normal physiology and neurobiology. Dysfunction of noradrenaline transporter has been ...The noradrenaline transporter has a pivotal role in regulating neurotransmitter balance and is crucial for normal physiology and neurobiology. Dysfunction of noradrenaline transporter has been implicated in numerous neuropsychiatric diseases, including depression and attention deficit hyperactivity disorder. Here we report cryo-electron microscopy structures of noradrenaline transporter in apo and substrate-bound forms, and as complexes with six antidepressants. The structures reveal a noradrenaline transporter dimer interface that is mediated predominantly by cholesterol and lipid molecules. The substrate noradrenaline binds deep in the central binding pocket, and its amine group interacts with a conserved aspartate residue. Our structures also provide insight into antidepressant recognition and monoamine transporter selectivity. Together, these findings advance our understanding of noradrenaline transporter regulation and inhibition, and provide templates for designing improved antidepressants to treat neuropsychiatric disorders.
リンクNature / PubMed:38750358
手法EM (単粒子)
解像度2.89 - 3.29 Å
構造データ

EMDB-39064, PDB-8y8z:
Structure of NET-Maprotiline in outward-open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.29 Å

EMDB-39065, PDB-8y90:
Structure of NET-Nefopam in outward-open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.15 Å

EMDB-39066, PDB-8y91:
Structure of NET-nomifensine in outward-open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.13 Å

EMDB-39067, PDB-8y92:
structure of NET-Atomoxetine in outward-open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.29 Å

EMDB-39068, PDB-8y93:
Structure of NET-Amitriptyline in outward-open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-39069, PDB-8y94:
Structure of Apo human norepinephrine transporter NET
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.29 Å

EMDB-39070, PDB-8y95:
Structure of NET-NE in Occluded state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.24 Å

EMDB-39533, PDB-8yr2:
Structure of NET-Nisoxetine in outward-open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.89 Å

化合物

PDB-1lx3:
Unknown entry

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-HOH:
WATER

PDB-1lx6:
Crystal Structure of E. Coli Enoyl Reductase-NAD+ with a Bound Benzamide Inhibitor

PDB-1lx5:
Crystal Structure of the BMP7/ActRII Extracellular Domain Complex


PDB 未公開エントリ

PDB-1lx4: Solution NMR Structure Of E. coli N-Ada/DNA transcription complex

ChemComp-TP0:
Amitriptyline / アミトリプチリン / 抗うつ薬*YM

ChemComp-E5E:
Noradrenaline / (R)-2-(3,4-ジヒドロキシフェニル)-2-ヒドロキシエタンアミニウム / 神経伝達物質, ホルモン*YM

ChemComp-41U:
nisoxetine / (S)-ニソキセチン / 抗うつ薬, 阻害剤*YM

ChemComp-PIO:
[(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate / 1-O-(1-O,2-O-ジオクタノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)-D-myo-イノシト-ル4,5-ビスりん酸

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

PDB-1lx7:
Structure of E. coli uridine phosphorylase at 2.0A

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSPORT PROTEIN/INHIBITOR / transporter / TRANSPORT PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX / transpoter / TRANSPORT PROTEIN / neurotransmitter / transporters / substrate

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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