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タイトルOligomerization-mediated autoinhibition and cofactor binding of a plant NLR.
ジャーナル・号・ページNature, Year 2024
掲載日2024年6月12日
著者Shoucai Ma / Chunpeng An / Aaron W Lawson / Yu Cao / Yue Sun / Eddie Yong Jun Tan / Jinheng Pan / Jan Jirschitzka / Florian Kümmel / Nitika Mukhi / Zhifu Han / Shan Feng / Bin Wu / Paul Schulze-Lefert / Jijie Chai /
PubMed 要旨Nucleotide-binding leucine-rich repeat (NLR) proteins have a pivotal role in plant immunity by recognizing pathogen effectors. Maintaining a balanced immune response is crucial, as excessive NLR ...Nucleotide-binding leucine-rich repeat (NLR) proteins have a pivotal role in plant immunity by recognizing pathogen effectors. Maintaining a balanced immune response is crucial, as excessive NLR expression can lead to unintended autoimmunity. Unlike most NLRs, plant NLR required for cell death 2 (NRC2) belongs to a small NLR group characterized by constitutively high expression without self-activation. The mechanisms underlying NRC2 autoinhibition and activation are not yet understood. Here we show that Solanum lycopersicum (tomato) NRC2 (SlNRC2) forms dimers and tetramers, and higher-order oligomers at elevated concentrations. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) reveals an inactive conformation of SlNRC2 within these oligomers. Dimerization and oligomerization not only stabilize the inactive state but also sequester SlNRC2 from assembling into an active form. Mutations at the dimeric or inter-dimeric interfaces enhance pathogen-induced cell death and immunity in Nicotiana (N.) benthamiana. The cryo-EM structures unexpectedly reveal inositol hexakisphosphate (IP) or pentakisphosphate (IP) bound to the inner surface of SlNRC2's C-terminal LRR domain as confirmed by mass spectrometry. Mutations at the IP-binding site impair inositol phosphate binding of SlNRC2 and pathogen-induced SlNRC2-mediated cell death in N. benthamiana. Together, our study unveils a novel negative regulatory mechanism of NLR activation and suggests inositol phosphates as cofactors of NRCs.
リンクNature / PubMed:38866053
手法EM (単粒子) / EM (らせん対称)
解像度2.84 - 3.6 Å
構造データ

38679

8xuo

EMDB-38679, PDB-8xuo:
Cryo-EM structure of tomato NRC2 dimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.84 Å

38680

8xuq

EMDB-38680, PDB-8xuq:
Cryo-EM structure of tomato NRC2 tetramer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.17 Å

38685

8xuv

EMDB-38685, PDB-8xuv:
Cryo-EM structure of tomato NRC2 filament
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.6 Å

化合物

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-IHP:
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸

由来
  • solanum lycopersicum (トマト)
キーワードPLANT PROTEIN / tomato / helper NLR / dimer / tetramer

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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