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Structure paper

タイトルAssembly and activation of EBV latent membrane protein 1.
ジャーナル・号・ページCell, Year 2024
掲載日2024年7月4日
著者Jiafeng Huang / Xiaolin Zhang / Xiaohua Nie / Xuyuan Zhang / Yong Wang / Linlong Huang / Xiaohan Geng / Dong Li / Liguo Zhang / Guangxia Gao / Pu Gao /
PubMed 要旨Latent membrane protein 1 (LMP1) is the primary oncoprotein of Epstein-Barr virus (EBV) and plays versatile roles in the EBV life cycle and pathogenesis. Despite decades of extensive research, the ...Latent membrane protein 1 (LMP1) is the primary oncoprotein of Epstein-Barr virus (EBV) and plays versatile roles in the EBV life cycle and pathogenesis. Despite decades of extensive research, the molecular basis for LMP1 folding, assembly, and activation remains unclear. Here, we report cryo-electron microscopy structures of LMP1 in two unexpected assemblies: a symmetric homodimer and a higher-order filamentous oligomer. LMP1 adopts a non-canonical and unpredicted fold that supports the formation of a stable homodimer through tight and antiparallel intermolecular packing. LMP1 dimers further assemble side-by-side into higher-order filamentous oligomers, thereby allowing the accumulation and specific organization of the flexible cytoplasmic tails for efficient recruitment of downstream factors. Super-resolution microscopy and cellular functional assays demonstrate that mutations at both dimeric and oligomeric interfaces disrupt LMP1 higher-order assembly and block multiple LMP1-mediated signaling pathways. Our research provides a framework for understanding the mechanism of LMP1 and for developing potential therapies targeting EBV-associated diseases.
リンクCell / PubMed:38996527
手法EM (単粒子)
解像度3.52 Å
構造データ

38342

8xh6

EMDB-38342, PDB-8xh6:
Structure of EBV LMP1 dimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.52 Å

38343

8xh7

EMDB-38343, PDB-8xh7:
Structure of EBV LMP1 oligomer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.52 Å

由来
  • Human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / EBV latent membrane protein 1

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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