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タイトルSpike N354 glycosylation augments SARS-CoV-2 fitness for human adaptation through structural plasticity.
ジャーナル・号・ページNatl Sci Rev, Vol. 11, Issue 7, Page nwae206, Year 2024
掲載日2024年6月14日
著者Pan Liu / Can Yue / Bo Meng / Tianhe Xiao / Sijie Yang / Shuo Liu / Fanchong Jian / Qianhui Zhu / Yuanling Yu / Yanyan Ren / Peng Wang / Yixin Li / Jinyue Wang / Xin Mao / Fei Shao / Youchun Wang / Ravindra Kumar Gupta / Yunlong Cao / Xiangxi Wang /
PubMed 要旨Selective pressures have given rise to a number of SARS-CoV-2 variants during the prolonged course of the COVID-19 pandemic. Recently evolved variants differ from ancestors in additional ...Selective pressures have given rise to a number of SARS-CoV-2 variants during the prolonged course of the COVID-19 pandemic. Recently evolved variants differ from ancestors in additional glycosylation within the spike protein receptor-binding domain (RBD). Details of how the acquisition of glycosylation impacts viral fitness and human adaptation are not clearly understood. Here, we dissected the role of N354-linked glycosylation, acquired by BA.2.86 sub-lineages, as a RBD conformational control element in attenuating viral infectivity. The reduced infectivity is recovered in the presence of heparin sulfate, which targets the 'N354 pocket' to ease restrictions of conformational transition resulting in a 'RBD-up' state, thereby conferring an adjustable infectivity. Furthermore, N354 glycosylation improved spike cleavage and cell-cell fusion, and in particular escaped one subset of ADCC antibodies. Together with reduced immunogenicity in hybrid immunity background, these indicate a single spike amino acid glycosylation event provides selective advantage in humans through multiple mechanisms.
リンクNatl Sci Rev / PubMed:39071099 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.18 - 7.97 Å
構造データ

EMDB-37546, PDB-8whs:
Spike Trimer of BA.2.86 in complex with one hACE2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.33 Å

EMDB-37548, PDB-8whu:
Spike Trimer of BA.2.86 in complex with two hACE2s
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-37549, PDB-8whv:
Spike Trimer of BA.2.86 with three RBDs down
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.32 Å

EMDB-37550, PDB-8whw:
Spike Trimer of BA.2.86 with single RBD up
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.85 Å

EMDB-37553, PDB-8whz:
BA.2.86 RBD in complex with hACE2 (local refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.93 Å

EMDB-38049, PDB-8x4h:
SARS-CoV-2 JN.1 Spike
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.65 Å

EMDB-38056, PDB-8x4z:
BA.2.86 Spike Trimer with ins483V mutation (3 RBD down)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.49 Å

EMDB-38057, PDB-8x50:
BA.2.86 Spike Trimer with ins483V mutation (1 RBD up)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.82 Å

EMDB-38063, PDB-8x55:
BA.2.86 Spike Trimer with T356K mutation (3 RBD down)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.75 Å

EMDB-38064, PDB-8x56:
BA.2.86 Spike Trimer with T356K mutation (1 RBD up)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.93 Å

EMDB-38072, PDB-8x5q:
SARS-CoV-2 BA.2.75 Spike with K356T mutation (3 RBD down)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.47 Å

EMDB-38073, PDB-8x5r:
SARS-CoV-2 BA.2.75 Spike with K356T mutation (1 RBD up)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.72 Å

EMDB-38681, PDB-8xur:
BA.2.86 Spike Trimer in complex with heparan sulfate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.85 Å

EMDB-38682, PDB-8xus:
JN.1 Spike Trimer in complex with heparan sulfate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.18 Å

EMDB-38683, PDB-8xut:
XBB.1.5 Spike Trimer in complex with heparan sulfate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-38684, PDB-8xuu:
BA.2.86-T356K Spike Trimer in complex with heparan sulfate (Local refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.69 Å

EMDB-38700: XBB.1.5-K356T S-trimer (1 RBD up)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.97 Å

EMDB-38701: XBB.1.5-K356T S-trimer (3 RBDs down)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.37 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-IDU:
2-O-sulfo-beta-L-altropyranuronic acid

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN/HYDROLASE / surface protein / glycoprotein / spike protein / VIRAL PROTEIN-HYDROLASE complex / VIRAL PROTEIN / Timer / Trimer / Complex / Spike / SARS-CoV-2

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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